プロ野球選手の父である茂野の移籍で、三船町へと帰ってきた吾郎。三船東中学校へ転校早々、野球部の不良部員、牟田や及川から至近距離でノックを受けていた友人の小森を助ける。また一緒に野球ができると再会を喜ぶ小森に、吾郎はなぜか「サッカー部に入る」と告げる。吾郎は野球をあきらめてしまったのか…!?

不良たちがいなくなった野球部だが、以前の野球部員たちが全く戻ってこない。山根たちが邪魔をしていることに気づく小森。さらに、チームメイトの大林まで、牟田、及川におどされてしまう。助けを求める大林に、吾郎は「野球が好きなら簡単にあきらめるな」と言う。小森と大林は勇気を出し、新入部員の勧誘を始めるが…。

吾郎が右肩を壊した後の努力を聞き、自分ももう一度がんばってみようと野球部に戻った山根。メンバーが足りないため牟田と及川も加わり、新生・三船東中野球部がスタート！ 最初はいやいや練習をしていた牟田、及川も、少しずつ、野球の楽しさを知り始める。1週間後の朝、ランニング中に偶然、吾郎は清水と出会い…。

チーム全員のがんばりで、三船西中との交流試合に勝った三船東中野球部。吾郎も正式に加わり、夏の大会に向けて練習の日々が始まる。そんな中、清水の提案で練習試合の申し込みに行った友ノ浦中で、吾郎は「忙しいから」とすげなく断られたことに怒り、友ノ浦中野球部のキャプテンに「勝負しろ！」と詰め寄る…。

夏の地区大会1回戦。吾郎が試合に遅れたため、対戦相手に先制された三船東中。そこへ現れた吾郎は超スローボールで相手バッターを打ち取る。小森はスローボールが特訓の成果だと見抜くが、山根は練習を勝手に休んだ吾郎を「チームワークがない」と責める。だが、吾郎はチームワークは「なれ合いではない」と言い返す…。

地区大会2回戦。クリーンナップの三人がシニアリーグの試合をかけ持ちして三船東との試合に遅れて来た対戦相手の青武館中は、楽勝と思った試合が4回までパーフェクトに抑えられていることに驚く。青武館の三人を見に来た海堂高校のスカウトである大貫は、吾郎の投球にほれ込み、海堂の特待生に選びたいと告げるが…。

寿也から「試合で負けた方が海堂高校をあきらめる」と、賭けを持ちかけられた吾郎。三船東と友ノ浦との決戦が始まった。初回、3番を敬遠してあえて寿也と勝負し、打ち取る吾郎。逆に寿也は、吾郎を敬遠すると見せかけ、無理に打ってきた吾郎を凡打に抑える。互いにヒートアップする二人。試合は予想もつかぬ展開に…。

吾郎が無心でホームランを打ったことにショックを受けた寿也は動揺し、山根にも連続ホームランを打たれてしまう。友ノ浦ナインは寿也につなぐため、ランナーをためるチームプレイに徹する。それを見た寿也は、自分が海堂への進学や吾郎との勝負にこだわるあまり、純粋に野球を楽しむ気持ちを忘れていたと気づく…。

友ノ浦中の2番手ピッチャーは、なんと寿也。予想以上の速球を投げる寿也に、なすすべのない三船東のバッター、宮本。「何もしないで負けるのは無しだ」という吾郎のはげましを受けた宮本は、ラストボールで思い切りバットを振りぬき、それが意外な結果をもたらす。逆に追いつめられた寿也は吾郎との直接対決を選ぶが…。

海堂付属中のエース、眉村の圧倒的な実力の前に完敗した吾郎は、海堂高校を受験して、野球部へ入る決意をする。「二人で海堂を乗っ取ろうぜ」と、吾郎は寿也にも海堂を受験するよう誘うが、祖父母に学費の負担をかけたくない寿也はかたくなに拒絶する。だが、寿也の本音を知った祖父母の口からは意外な言葉が…。

ついに海堂高校の入学実技試験が始まった！ 張り切る吾郎、冷静な寿也、今一つ自信のない小森、三者三様だ。1次、2次テストをなんとかクリアした三人が臨む3次テストは、1対1のハンドボールPK戦。吾郎の対戦相手は多岐川。1次での吾郎とのいさかいを根に持つ多岐川は、ライバル心むき出しで挑んでくるが…。

実技試験の最終テストは、五人一組によるトーナメント戦。寿也と同じAチームになり喜ぶ吾郎だが、無名の軟式出身だと他のメンバーに見くびられ、外野を守ることに。対戦相手Dチームの新見は、Aチームのピッチャーの元チームメイト。相手の弱点を知り抜いた新見の作戦に翻弄され、Aチームは先制されてしまい…。

吾郎と寿也は、ともに海堂高校の実技試験を通過した。だが、海堂へ入学するためには、このあと学科試験に合格しなければならない。寿也の助けを受けるものの、慣れない勉強に苦しみ、くじけそうになる吾郎。試験当日、トラブルで遅刻してしまった吾郎は、すっかり意気消沈。午後の面接に最後の望みをかけるが…。

海堂高校に合格し、晴れて野球部員となった吾郎と寿也。新入部員たちはみな、小さな島にある野球部の養成所へ行くことに。島で待っていたのは、監督・周防とコーチ・乾の二人だった。彼らは吾郎たちに、この島が「なぜ“夢島”と呼ばれるのか」、その理由を語る。そして、厳しいトレーニングが始まる…。

夢島に来て3か月。吾郎をはじめ、選手たちはみなたくましく成長していた。そんな彼らに、今後のポジションを決める適性テストを行うと告げる周防監督と乾コーチ。最初はピッチャーの試験だ。投手志望者が、バッターの乾に簡単に打たれる中、三振を取った吾郎。だが周防は、吾郎に「ピッチャー失格」を告げる…。

外野手の練習をしながら、寿也の協力で密かにピッチャーの訓練も続けてきた吾郎。ついに、夢島を出て二軍に合流できるかを決める修了検定の日が訪れた。検定は紅白戦。相変わらず自由奔放にプレーする吾郎。マニュアル通りの野球を求める周防監督の評価は、当然低い。そこへ突然、海堂を辞めたはずの大貫が現れ…。

修了検定に合格するため、周防監督から「相手チームの九人をパーフェクトに抑える」という条件を課された吾郎。しかし、この数ヵ月の吾郎の成長は周囲の想像を超えていた。140kmを超える速球を、バッターは誰も打つことができない。最後のバッターである寿也も三振に取り、吾郎は見事に結果を出し、夢島を出るが…。

1年生の特待生チームと歓迎試合をする吾郎たち。だが、二軍監督の静香が指名した夢島組の先発ピッチャーは、丸山。やむなくベンチで観戦する吾郎。1回表、特待生チームは三者凡退。その裏、夢島組は、連打で3点を先制。特待生の実力を買いかぶり過ぎたかと思う吾郎。だが、4番の寿也の打席で、真相が明らかに…。

夢島組みんなの期待を受けて、マウンドに上がった吾郎。ここまで止まらぬ勢いで連打していた特待生チームだが、吾郎のストレートに連続三振！ 3回裏、今度は夢島組の反撃が始まった。寿也が満塁ホームランを打ち、ピッチャーの渡嘉敷から4点を奪う。そこへ三人の特待生、眉村、市原、阿久津が遅れてやって来た…。

阿久津の決め球、ナックルボール攻略のために寿也はファールで粘りナックルを連投させる作戦に出た。思わず甘く入った阿久津のナックルを場外へ運ぶ寿也。 阿久津は監督から退部を言い渡される。マニュアルを無視して勝負にこだわった阿久津をかばい、吾郎は「この試合で失点したら、自分も海堂を辞める」と宣言する…。