全国高校サッカー選手権の県大会決勝。高校2年生のフォワード・潔 世一は、ゴール前で味方にパスを出してしまったことによって全国大会への道を絶たれてしまう。そんな彼のもとに“ブルーロック（青い監獄）”への招待状が届く。それは、日本がW杯で優勝するため、300人の高校生世代フォワードの中から、たった1人の“世界一のストライカー”となるエゴイストを作り出す施設だった。何も分からぬまま狭い部屋に集められた潔たちは、12人から1人の脱落者を決める入寮テストへと挑む。

謎の人物・絵心甚八による、世界一のストライカーを生み出すための “ブルーロック（青い監獄）”プロジェクト。ライバル達を蹴落とし生き残ったランキング上位5名は、6ヶ月後に行われるU-20W杯のFW登録選手になれるが、脱落した者は一生日本代表になる権利を失うという。絵心が求めるストライカーのエゴイズムとはなんなのか。潔たちは“ブルーロック（青い監獄）”での戦いに生き残る決意をし、今後のサッカー人生を懸けた新たな試練・一次セレクションへと進む。

一次セレクションは、“ブルーロック（青い監獄）”伍号棟内にてV・W・X・Y・Zの5チームによる総当たりグループマッチを行い、上位2チームのみが勝ちあがれるというもの。ランキング最底辺のチームZである潔たちは、初戦チームXへと挑む。だが、“チーム内で最も点を取った1人だけは無条件で勝ちあがれる”という特殊なルールにより、試合は敵も味方も入り乱れボールを奪い合う大混乱となる。その流れを変えたのは、チームXの強力なストライカー・馬狼照英の存在だった。

チームZは、圧倒的なエゴと実力を持つ馬狼を中心としたチームXに惨敗。「自分だけの武器を持て」という絵心の言葉を受け、次の試合へ向けてそれぞれの武器を確認しあうが、潔は自分の武器を見つけられずにいた。己の武器に悩みながらも、チームX戦で感じた“ゴールの匂い”をヒントに、次なる対戦相手、チームYへと挑むのだった。

“ゴールの匂い”…その直感を信じて動く潔は、チームYの中でゲームの流れを作り上げていた二子一揮と、激しい“読み合い”を繰り広げる。フィールド全体を見渡しながら互いのエゴをぶつけ合う潔と二子の戦いは、試合終了間際ラスト1分までもつれ込む。潔とチームZは、二子の最終作戦「ワンタイム・キル・カウンター」を打ち破ることができるのか！？

チームYとの試合をきっかけに、潔はランキングを上げ、チームZの中心となっていた。そして次の対戦相手は、双子の鰐間兄弟が率いるチームW。アイコンタクトと、恐るべきコンビネーションを武器に立ちふさがる鰐間兄弟。彼らは、かつて同じチームでプレーしていた千切豹馬に対し、過去のトラウマに触れ挑発する。千切はサッカーを諦めるために“ブルーロック（青い監獄）”に参加したと言うが…。そんな中、試合は久遠 渉の活躍によってチームZがリード。好調な出だしに沸き立つ一同だが、潔はフィールドに漂う違和感を嗅ぎつけていた。

裏切りによって、武器も作戦も筒抜けな上、12人対10人という絶望的な状況に追い込まれたチームZ。そんな窮地にあっても必死に足掻き続けるチームZのアツい戦いと、自分自身を信じ続ける潔の純粋なエゴが、燻っていた千切に火をつける。3-4の劣勢の中、千切が封じ込めていた武器と、胸の奥に秘められたエゴがフィールドを駆け抜け、試合を大きく動かしていく。

なんとか一次セレクション突破の可能性を残すことができたチームZ。だが、裏切りによって1人欠けた10人だけでグループ最強のチームVとの最終決戦に挑まざるを得ず、ピンチは終わらない。引き分けでも脱落が確定し、勝利のみが突破条件という追い詰められた状況の中、潔はチームの勝利のため、そして自身でゴールを奪うため「ゴールの方程式」を手に入れようと、とある人物に会いにいく。

運命を懸けたチームV戦。試合前半、チームVトップランカー、凪 誠士郎・御影玲王・剣城斬鉄の3人の能力に圧倒される。特にサッカー歴半年にして無敗を誇る凪＆玲王ペアの圧倒的攻撃力は、潔たちチームZの心を折るには十分すぎるほどだった。勝利を諦めかけたその時、蜂楽 廻のプレーがチームZ全員の“エゴ”に火をつける。一次セレクション最終戦…極限状態の中、絵心が求めた“才能の原石共の覚醒”が始まる。

試合の中でそれぞれの武器とエゴを開花させていき、ついに同点にまで持ち込んだチームZ。完全に試合の流れを手にしたチームZだったが、その快進撃は、チームVの怪物・凪をも“覚醒”させてしまう。覚醒の連鎖の中、潔も自身の武器を使いこなす方法を見出し、戦い続ける。そしてエゴとエゴのぶつかり合いが生み出す“熱”は試合を傍観する久遠の胸にも響いて…。

久遠の自らを犠牲にしたファウルによって、チームZに最後のチャンスが生まれた。運命を懸けたラストプレーの最中、潔は、己の進化に必要な最後のピースを見つけ出す。“覚醒”と“進化”、エゴとエゴのぶつかり合う“ブルーロック（青い監獄）”一次セレクション、ついに決着！

多くの脱落者を出しながら、“ブルーロック（青い監獄）”プロジェクトは、二次セレクションへと突入する。これまでの仲間がライバルに、かつての強敵が味方へと目まぐるしく移り変わる過酷な二次セレクション。そこで潔は今までで最も強力なエゴイスト…天才・糸師 冴の弟にして、新ブルーロックランキングTOPランカーの糸師 凛と出逢う。さらなる進化を求めて、潔の戦いは新たなステージへとコマを進める。

3人1組のチームで戦い、勝てば相手チームから選手を奪い勝ち上がっていく二次セレクション「奪敵決戦(ライバルリー・バトル)」サードステージ。新たなステージへとコマを進めた潔は、蜂楽、凪とチームを組み、凛が率いる新ブルーロックランキングTOP3に戦いを挑む。幸先よく先制したことで、今までの成長を実感する潔。だがその直後に凛が放ったシュートはフィールドの空気を一変させ、潔たちはTOP3との実力差を目の当たりにする。

圧倒的な能力と強烈な“エゴ”を持つ凛のチームに破れた潔たち。戦いの末、蜂楽を奪われた潔と凪は2対2で戦うセカンドステージに後退し、仕切り直すことに。そんな彼らの前に立ちはだかったのは馬狼と元チームZの成早だった。負ければ脱落…後がない戦いを前に、マンツーマンでも勝つ“個人の力”という課題と向き合う潔と凪。しかし、その答えが見つからないまま、生き残りをかけた新たな戦いが始まった…。

試合開始直後、圧倒的な“個人の力”によってゴールを奪う馬狼。さらに自分の武器に磨きをかけた成早にも翻弄され、潔と凪は苦戦を強いられる。馬狼や凪といった天才たちに追いつくため、そして“ブルーロック（青い監獄）”で生き残るために必死にゴールを目指す成早。同じくもがき続ける潔も、成早の動きから自身の“新たな武器”の片鱗を見つけ出す。敵と味方、それぞれの“エゴ”と意地がぶつかる極限状態の中、ついに潔に“進化”の時が訪れる。

激戦の末に勝利を掴み「適応能力」という自らの新たな才能に気付いた潔。新たに馬狼を加え、次なる戦いに向け3人で練習をすることに。互いに理解し合おうと試みる潔だったが、強烈な“エゴ”を持つ馬狼と凪はペースがあわず、それぞれの武器を活かした“化学反応”への糸口を掴めずにいた。チームとしての不安が残ったまま、因縁深いライバル達が次なる3対3の対戦相手として立ちはだかる。

スピード、フィジカル、戦術眼というそれぞれの武器を活かし、スキのないプレーを見せる千切、國神、玲王。一方、凪と馬狼の個人プレーでなんとか食らいつくものの、噛み合ったプレーができず苦戦を強いられる潔たち。敵チームのコンビネーションと、味方の個人プレーを分析していく中で、潔は自分の‘武器’の新たな使い方を見つけ出し、さらなる進化を遂げる。そして“エゴ”が渦巻く試合は、さらなる進化の波を引き起こしていく―。

お互いの武器を理解し合い高め合うことで、ゴールへの道筋を無数に描き出していく潔と凪。対して、さらなる進化を魅せた千切を中心に、國神、玲王も奮闘し、フィールド上では一進一退の攻防が繰り広げられる。そんな中、フィールドの王様（キング）であるはずの馬狼はその強すぎる“エゴ”故に進化の連鎖から取り残されていた。さらに、かつて圧倒した潔にフィールドの主役を奪われ、敗北を刻まれたことにより、馬狼はついに膝をついてしまう。

馬狼がフィールドの「悪役」として覚醒し、辛くも勝利を手にした潔たち。更なる“化学反応”を起こすべく、自分たちを“喰う”エゴを見せたただ一人の選手を奪いフォースステージへと駒を進める。一方、TOP3とともに次戦の対戦相手を探す蜂楽は、凛とのトレーニングの最中、自身の中の“かいぶつ”の存在を見透かされ、自身の“エゴ”と向き合うのだった。

潔たちは、かつて敗北し蜂楽を奪った凛率いるTOP3にリベンジマッチを申し込む。強敵たちとの戦いの中で“エゴ”と“化学反応”を繰り返しながら勝ち上がり、成長してきた全てをぶつけるため、4対4で臨む最終決戦の幕が上がる。それぞれが進化した武器を活かし、TOP3の超絶個人技に必死に食らいついていく潔、凪、馬狼、千切。しかし、蜂楽が放った1本のパスがゲームをさらに進化させていき…。