海堂高校をやめた吾郎は、旧友の小森たちがいる三船高校の野球部に入るつもりだったが、夏の大会予選の三船高校の試合を見て考えを変え、他の高校の編入試験を目指すことにする。そんな吾郎に母の桃子は「勝手やった自分の学費は、自分でかせぎなさい」と厳しい。そこで編入が決まるまで、吾郎はアルバイトを始めるが…。

通学中に突然、目の前に現れた吾郎から聖秀高校に入って野球部を作ると聞いた清水は、嬉しさ半分、心配半分。クラスで吾郎に一目ぼれした中村は「マネージャーになってあげる」と積極的にアタック。吾郎は男子生徒七人を野球部に誘うが、誰も野球に関心がない。そこへ「俺をエースで4番にしろ！」という藤井が現れ…。

今シーズン負け続きの吾郎の父、茂野。気晴らしをして朝帰りも多いため、桃子も機嫌が悪い。吾郎は理事長に野球部設立をかけあうが、まず同好会として承認し、正式な部として認めるかは活動次第だという。そのころ、藤井は田代たちから、「神奈川には海堂高校があるから、吾郎の計画は不可能だ」と笑いとばされていた…。

野球部の顧問の山田のつてで、強豪の帝仁高校との練習試合が決まった吾郎たち。吾郎のボールは帝仁選手たちの度胆をぬき、バットに当てることもできない。だが、田代が「清水がキャッチャーで公式戦は戦えない」とクレームをつけた。そこで藤井がキャッチャーに名乗り出たが、吾郎の剛速球はどうにも捕れそうにない…。

清水と藤井のプレーで、同点に追いついた聖秀。そこでまた、田代が清水と口論に。その時、「もう無理にチームに入ってくれとは頼まない」と言い出す吾郎。「ではなぜ無謀な賭けをしたのか？」と顧問の山田が問うと、吾郎は自分の正直な思いをみんなに告げる。一方、吾郎の剛球を受けていた藤井の手には異変が起きていた…。

グラウンドを完成させた吾郎たちの前に、突然臨時コーチとして吾郎の父である茂野と横浜リトル監督の樫本が現れる。樫本が選手たちに有無を言わせずノックを始め、茂野は「やる気がないやつはやめろ」と言い放つ。それを聞いた藤井以外の六人はグラウンドを去ってしまう。吾郎はそのあまりに無茶なやり方に抗議するが…。

やる気を試した茂野のテストに全員合格した聖秀の選手たち。翌年の春までに大会予選を勝ち抜けるチームにするため、茂野と樫本のコーチのもと、猛練習が始まった。そんなある日、グラウンドに見知らぬ少年が現れる。練習を見ていた少年に「草野球以下」だと言われて腹をたてる藤井。さらに少年は吾郎に勝負を申し出る…。

顧問の山田が決めてきた練習試合の相手は、海堂高校の二軍。試合前、海堂二軍監督の静香から「指揮をとる江頭の企みに気をつけろ」と警告される吾郎。相手ピッチャーは、昨年の海堂一軍エース、榎本の弟だ。1回裏、吾郎はいきなり海堂打線から連打をあびる。内山や藤井のエラーも出て、聖秀は早くもピンチになるが…。

海堂2軍との練習試合中のクロスプレーで足にケガをした吾郎。医師の診断結果は厳しいもので、全治3か月、夏の大会予選出場は絶望だという。吾郎のお見舞いに現れ、うわべは「お気の毒に」と言う江頭に対し、吾郎は自分の決意をキッパリと宣言する。また、一人で病院に向かった中村は、そこであるものを目にする…。

夏の大会予選の組み合わせが決定した。1回戦の対戦相手は強いとはいえない陽花。吾郎を温存しても勝てそうだと喜ぶ聖秀ナイン。そこに吾郎が現れ、一見、完全に回復したような速球を見せるが、顧問の山田は、1回戦の先発は大河にすると告げる。試合当日、くさっている吾郎を藤井たち無理矢理球場へ連れて行くが…。

予選1回戦。やる気のない大河の代打に出た吾郎、「自分をベンチに下げ、あと2回誰が投げるのか？」とふてくされる大河に、自分が投げると言う。負傷中にまともなピッチングができるのか疑う大河に、「できるかできないかじゃない。やるかやらないかのどちらかだ」と断言する吾郎。だが、相手は吾郎の状態を見抜き…。

陽花戦が終わったあと「これ以上無理を続ければ選手生命は保障できない」と医師から警告された吾郎。顧問の山田が、茂野にも「試合に出さないでほしい」と頼まれたことを伝えると、吾郎は「わかった」と素直に引き下がった。だが、2回戦の三船高校戦の日の朝、大河が球場に向かう途中、待っていた吾郎が言った言葉は…！

三船戦、4回裏。三船高校は積極的に攻撃に出て、セーフティバントにヒットエンドラン、小森の犠牲フライで手堅く1点を先取する。さらに山根の一打を浴び、大河は集中力が切れてしまう。5回表の聖秀の攻撃。先頭バッターの宮崎が粘った末、フォアボールで出塁。ツーアウト1、2塁になったところで打席には大河が…。

三船戦、6回裏、ノーアウトで2塁に小森。次の山根は意表をつくプッシュバント。さらに2塁へ向かった山根を見て、後を追いかけた藤井は山根をタッチアウトにとる。得意げな藤井、だが次の瞬間、ぼう然となる…。致命的な4点目を取られた聖秀は8回表の上位打線に望みをかける。ツーアウト3塁で打席は藤井が立つが…。

三船戦、8回裏。ツーアウト満塁でバッターは4番の小森。絶体絶命のピンチで大河に代わり登板した吾郎の投げる球は、ケガの影響などみじんも感じさせなかった！ あせる小森はわずかな可能性にかけてバントをするが、それを見た吾郎が小森にかけたことばとは？ そして勝負の結末は…!?

3回戦でノーヒットノーランを達成した吾郎。試合を見た横浜ブルーオーシャンズのスカウトである桂木は球団の会議で吾郎のドラフト指名を提案するが、他のスカウトは吾郎の実父、茂治の事故死を理由に消極的。落ち込む桂木に先輩スカウトの米田がアドバイスをする。そのころ綾音はあることを知るため、寿也のもとへ…。

久里山戦で吾郎が書いたメンバー表は、1番吾郎、2番田代。その吾郎と試合前に会った香取は、海堂の実技試験は「吾郎にではなく寿也に負けたのだ」と言い放つ。1回表、先頭打者、吾郎の打席。高速スライダーを狙っていると見抜いた唐沢は、抜いた球で打ち取った…つもりだったが、打球はフェンスギリギリまでのびて…。

久里山戦終盤。投手戦の均衡が崩れ、7回裏の唐沢のツーランでリードされた聖秀。9回表ツーアウト、最後のバッターである山本はバントを試みるがポップフライとなり、パーフェクト達成か!? 実は山本は自打球を手に当ててしまい、ベンチに残った大河が代打となる。だが、大河は香取からあっさりとヒットを打ち…。

海堂戦間近。ハードな練習を強いる田代に反発する藤井だが、田代の「俺たちにできることをして、少しでも吾郎を助けてやりたい」という気持ちを聞き、練習を始める。一方、医師から通常の練習を禁止された吾郎は、足に負担をかけない調整法があると聞き、プールに出かける。そこで彼は遊びに来ていた清水と出会い…。

ついに始まった海堂との決戦。1回表、海堂の先発である市原を甘く見て、三振する吾郎。田代が打った内野への打球も泉の華麗な守備でアウトに。吾郎は、「自分たちの1年間が吾郎の1年間に負けるはずがないという、絶対的な自信がある」という寿也の言葉の意味を理解する。だが、あくまでマイペースの吾郎は…。