相沢祐一は両親の都合で北の街にある叔母・水瀬秋子の家に居候することになり、7年ぶりに従姉妹の水瀬名雪と再会した。名雪に街の案内をしてもらっていた祐一は、月宮あゆという少女と出会う。そして偶然知り合ったにも関わらず、追われているという彼女と一緒に逃げる羽目になってしまい・・・。

名雪の通う学校に転入した祐一は、偶然にも名雪と同じクラスになる。部活に行く彼女を見送った後、学校で迷ってしまった祐一は名雪の友人・美坂香里の案内で、なんとか学校からの脱出に成功する。下校途中、商店街で祐一はたいやき屋から逃げてきたあゆと再会。またしても逃亡することになった2人は、雪道で座り込んでいる少女と出会う。

いきなり見知らぬ少女に殴りかかられた祐一。少女は空腹のため、そのままその場に倒れこんでしまう。身に覚えのない祐一だったが、ひとまず彼女を水瀬家に連れて帰る。しかし彼女は自分の名前すら覚えていなかった。次の日祐一は、あゆと逃亡していた際に出会った少女と再会する。しかしそれがもとで、名雪の機嫌を損ねてしまう。

自分の名前が"沢渡真琴"だと思い出した少女は、そのまま水瀬家に居候することになった。しかし、祐一が憎いと言うこと以外はまだ思い出せない。そんな真琴は祐一に様々なイタズラをしかけてくるようになる。一方、祐一と秋子が買い物中に偶然再び街で会ったあゆは、成り行きで水瀬家へ遊びに来ることになり・・・。

名雪に借りたノートを学校に忘れた祐一は、ノートを取りに夜の学校へ向かう。教室から出ると、月明かりに照らされ廊下に剣を持ってたたずむ少女と出会った。それは、前日にも前々日にも偶然顔を合わせていた上級生の川澄舞だった。祐一は声を掛けるが、舞の方は全く反応しない。その時、困惑する祐一の背後で突如激しい物音が響き渡った。

日曜日の朝、祐一が目を覚ますとなぜか水瀬家で朝ごはんを食べているあゆの姿があった。あゆは秋子からもらった映画のチケットを差し出し、一緒に見に行こうと祐一を誘う。その後、あゆとの待ち合わせまでの時間、祐一は真琴にアルバイトさせようと求人雑誌を広げたり、面接の電話をかけさせたりと奮闘するのだが・・・。

ある夜、祐一の部屋の戸が開き、真琴が忍び込んでくる。もちろん、祐一にイタズラを仕掛けようとしているのだ。だが、またしても祐一に気づかれ、しどろもどろになった真琴は苦し紛れの言い訳をしてその場を逃れようとする。翌日、アルバイト初日の真琴は秋子から特製ジャムをすすめられ…。

いなくなった真琴を探し回る祐一は、舞の言葉通り、ものみの丘で寝ていた真琴と猫を見つけ家に連れて帰った。目を覚まして驚く真琴に優しく接する名雪と秋子。翌朝、秋子に猫を飼ってもよいと言われた真琴は、祐一と一緒に猫の名前を考えるのだった。そんな折、祐一は同じ高校の1年生・天野美汐と出会う。

祐一は、10年前のある出来事を徐々に思い出していた。それに加えて体調が悪化している真琴の様子が気にかかる祐一は、もう一度美汐に話を聞きに行く。そこで祐一は美汐から悲しい事実を告げられる。名雪と秋子も真琴の様子を心配するが、真琴自身にも原因がわからない。そんな様子を見ていた祐一はあらためて美汐の言葉を思い出すのだった。

祐一から真琴の正体を聞かされた名雪と秋子。少しでも真琴のそばにいるため、祐一は学校を休むことにする。そんな祐一に真琴は「けっこんしたい」とつぶやく。美汐なら真琴を理解し支えになってくれると思った祐一は、美汐に真琴に会ってほしいと頼む。そして、祐一と真琴は2人きりで「ものみの丘」へと向かうのだった。

再び賑やかさを取り戻した水瀬家。一方、校舎の窓ガラスが割れたことで嫌疑をかけられ職員室に呼び出された舞。一年生の時に窓ガラスを割ったことが原因で舞にはよくない評判が付きまとっている。なんとか舞のイメージアップを図ろうとする祐一は、生徒会主催の学園舞踏会に参加することを勧めるが・・・。

両親が旅行から帰るまで、水瀬家にとまる事になったあゆ。夜中トイレに行くために大騒ぎするあゆや、朝なかなか起きない名雪など水瀬家は相変わらずにぎやかだ。そして舞踏会当日、祐一は相変わらず学校に忍び込んでいた栞と会う。舞踏会が始まり、会場は華やかな雰囲気に包まれるが、思いもよらない出来事が・・・!

舞踏会の最中に突然あらわれた魔物に襲われた佐祐理。魔物を倒すために戦う舞だが、周りからは奇異の目で見られてしまう。以前から舞に目をつけていた生徒会長の久瀬は舞を退学にすると言い出す。佐祐理と祐一は舞をかばうが・・・。

舞とともに魔物と戦いはじめた祐一。舞の誕生日前日、いつものように夜の校舎で戦う2人だが、舞が「魔物が狙っているのは自分ではなく祐一だ」と言い出す。舞の言葉が離れない祐一は理由を尋ねるが・・・。

夜の学校で佐祐理が魔物に再び襲われた。決意を新たに魔物との最終決着をつけるべく、学校で戦う舞と祐一。一段と激しさを増す戦いの中、蝕まれていく体で果敢に魔物を倒していく舞。そして、魔物が残り1体となったとき・・・。

佐祐理と舞を見舞うため、祐一はあゆを連れて病院を訪れる。元気そうな2人に安心する祐一に舞は不思議な言葉をかける。2人の病室をあとにした祐一とあゆは、廊下で栞と出会う。

香里から聞かされた事実に驚く祐一。帰宅してからもそのことが頭から離れない様子の祐一をあゆは気遣う。そんなあゆに感謝する祐一。翌日、香里は学校を休み、裏庭には栞の姿もない。様々な思いを抱えながら街を歩いていた祐一は公園で栞と出会う。

学校に登校するようになった栞。栞の誕生日が近づき、祐一は栞の誕生パーティを企画する。驚きながらも喜ぶ栞だが、出席者が気にかかる様子。あゆや知り合い数名に声をかけると言われほっとするが・・・。

名雪が出場する駅伝大会当日。祐一は、あゆ、秋子、北川とともに応援に行く。笑顔でみんなを迎える名雪。北川は祐一や香里を元気づけるためにもがんばってほしいと名雪に頼む。

あゆと祐一の想いが通じた。学校が終わると待ち合わせをして、あゆの落し物を探す二人。探し物は見つからなかったが、あゆは今とても幸せだと話す。暖かい時間が2人を包む。その夜、2人はあゆの学校を見に行く約束をする。