ダンデとのマスターズトーナメント・ファイナル。サトシのポケモンたちは皆、ボロボロの状態に…。それでも臆することなく向かってくるサトシとポケモンたちの姿に、笑みをこぼすダンデ。「最強の王者」と「最強の挑戦者」―。呼応するようにより強く、より激しくなる、最強を懸けたバトルの行方は―！？

シュートスタジアムに突如現れたムゲンダイナの目的は一体…！？そして、サトシとダンデのバトルもクライマックスへ！ダンデのエース・リザードンに対し、サトシとピカチュウは最後の力を振り絞り立ち向かう。これまでの出会いを、バトルを、冒険の全てを―！最高の相棒と共に、サトシは栄冠をつかむことはできるのか―！？

サトシのファイナルと時同じくして、ゴウはミュウ探索のため「さいはてのことう」に向かっていた。島に上陸したゴウ・シゲル・トキオ・ツルギ・アサヒ達だったが、ラボにいるホダカ博士との通信が途絶え、モンスターボールも起動しなくなってしまう…。絶体絶命のピンチの中、ミュウと出会うために探索を続けるゴウ達の運命は…！？

ミュウ探索の途中、トラブルで二手に分かれてしまったチェイサー一行。ゴウ・トキオ・アサヒはカイオーガ、ツルギとシゲルはグラードンにそれぞれ遭遇する！伝説のポケモンが、なぜここに―？更にテーブルマウンテンの奥へと進むゴウ達が、そこで目にしたものとは…。そして、ゴウはミュウにたどり着き、夢を叶えることはできるのか―！？

それぞれの挑戦を終えて、サクラギパークで再会を果たすサトシとゴウ。コハルを交えてキャンプに出掛けることに！見回す限りポケモンだらけの自然に囲まれて、幼い頃のポケモンとの思い出話に花を咲かせる三人だったが、ゴウにはサトシに言い出せずにいる“とある想い”があって…？

サトシとゴウは、ちょっとした気持ちのすれ違いからギクシャクしてしまう。そんな2人の前に、なんと伝説のポケモン・ルギアが現れた！2人が初めて出会った日にも、姿を見せたルギア。一緒に冒険をし、成長してきたサトシとゴウ。再会したルギアに2人で挑む。ルギア！レイドバトルだ！！

風の吹くまま、気の向くまま、冒険を続けるサトシとピカチュウ。道行く先で出会う野生のポケモンとの触れ合い―。ピカチュウを奪おうと画策するロケット団―。変わらぬ冒険の日々を過ごすサトシとピカチュウだったが、とある森の中、傷ついた伝説のポケモン・ラティアスと遭遇することになる…！

旅を続けるサトシとピカチュウは海にやってきていた。海辺で野生のウデッポウに出会い、ゲットしようとするサトシ。そこに待ったをかけたのは、かつての旅の仲間・カスミだった！「ウデッポウをゲットするのは自分だ！」と互いに譲らないサトシとカスミは、釣りで決着をつけようとするが…！？

カスミも一緒に旅をすることになったサトシとピカチュウ。かつての旅の仲間である、タケシとデントと再会する。しかし、タケシは失恋したばかりでひどく落ち込んでいるようで…。すると突然野生のブリムオンが、タケシを連れ去ってしまう…！その理由は！？サトシ・カスミ・デントはタケシを取り戻すことができるのか！？

旅を続けるサトシとピカチュウたちは、世にも珍しいと言われる「コイキングのたきのぼり」を見るため、とある山を訪れる。そこで、1匹のツンベアーと出会うことに。強力な氷のパワーで周りのものを全て凍らせるツンベアーを見て、興奮するサトシ。しかし、ツンベアーは何やら悩みを抱えている様子で…？

港町にやってきたサトシとピカチュウたち。人だかりを覗いてみると、かつて共に旅をしたゼニガメ率いる、ゼニガメ消防団のショーが行われていた！今やゼニガメ消防団はたくさんの人に愛される人気者になっていたのだ！！ショーを楽しむサトシたち。一方、ロケット団はゼニガメ消防団のマネージャーになって何やら企んでいるみたい…！？

旅の途中、のどかな自然の中でまどろんでいたサトシたちをロケット団が襲う。何とか撃退したものの、ロケット団と一緒にピカチュウまで空の彼方に飛んで行ってしまった！離れ離れになったサトシとピカチュウは合流しようと、お互いを捜すが…。離れていても心は１つ―。ふたりは再会することはできるのか…！？

サトシとピカチュウは、かつて一緒に旅をしたラプラスと再会する。ラプラスは何やら助けを求めている様子…。ラプラスに案内されてやってきた島には、なんと洞窟の穴にはまって抜けられなくなったホエルコがいた！あの手この手でホエルコを穴から出そうとするが、果たして救い出すことができるのか！？

ある街にやってきたサトシとピカチュウたち。街では最近、あちこちの家で怪奇現象が起きているという。事件解決のために、サトシたちも事件現場の家を捜索するが、そこで目撃したのは1匹のジュペッタだった…！侵入した家から色んな物を持ち出していたジュペッタの目的は一体！？

ムサシ・コジロウ・ニャース・ソーナンスの元に、ロケット団本部からデリバードがやってくる。デリバードが届けに来たのは、ロケット団が各地方でゲットしたポケモンたちだった！懐かしい仲間達との再会を喜ぶロケット団。そして、ロケット団のこれまでの全てを懸けたピカチュウゲット作戦が、今、始まる―！？

サトシとピカチュウの前に、再びラティアスが姿を現す。ラティアスの「ゆめうつし」でサトシたちが見たのは、ラティオスに襲いかかるポケモンハンター！ラティオスを救うため、ラティアスとともに向かうサトシとピカチュウたち。果たしてラティオスを救い出すことはできるのか！？ 

チャンピオンになったキミは、どこまでポケモンマスターに近づけたのかな―。マサラタウンに帰ってきたサトシとピカチュウは、再会したシゲルに問いかけられる。ピカチュウと旅に出た時から、ずっとめざしてきた夢、ポケモンマスター。その答えを、サトシは見つけることができるのか―！？