「ほら、いらっしゃい…気持ちよく昇天させてあげる」自分が魔女であること以外、記憶を持たない女がいた。彼女の名はベヨネッタ。襲い来る天使を狩ることに快楽を見出していたが、突如舞い込んだ情報により、失われた記憶を求めて、宗教都市ヴィグリッドへと旅立つこととなる。過去の記憶を呼びさます数奇なる出会い。ベヨネッタの過去を仄めかす妖しい女、父の仇と追ってくるジャーナリストの男。そして彼女をマミーと呼び、慕う幼い少女。ベヨネッタの失われた記憶には、一体なにが隠されているのか。その先に待ち受けている、彼女の運命とは…？