未知のウイルス、バグスターが人知れずまん延する社会。政府は聖都大学附属病院に極秘部署・電脳救命センター(CR)を設置、人類滅亡の危機を回避するための対策を密かに進めていた。ゲームウイルスであるバグスターを倒すのはデジタルゲームの世界!ゲーム企業と共同で開発したゲーマドライバーとガシャットで適合者に選ばれた医師=ドクターは仮面ライダーに変身する!若き研修医・宝生永夢に託された運命、それは仮面ライダーエグゼイドに変身し、バグスターから患者の命を守ること。ゲームの世界でエグゼイドはバグスターを倒す!患者の命を救うために、患者の心の不安を取り除くために、そして、人類を滅亡の危機から救うために。エリート外科医、闇の無免許医、そして事件の秘密を探る監察医…。様々な思惑を抱えたドクターたちの信念がぶつかり合う…。しかし、彼らの目的はただ一つ。コンティニューなど存在しない、戦いの結末はゲームクリアだ! ノーコンティニューでクリアしてやるぜ!