科学者養成学校「科学アカデミア」が開発した宇宙船の進宙式の日に、突如謎の組織がアカデミアを襲撃した。その名は「武装頭脳軍ボルト」。一握りの天才以外の人間は全て滅ぼそうと企む、大教授ビアス率いる悪魔の天才集団だ。その中には2年前に科学アカデミアを裏切り、親友の矢野卓二と相川麻理を殺してボルトの幹部となった月形剣史たちの姿があった。壊滅的な打撃を受ける科学アカデミア。しかしそこへ「ライブマン」と名乗る戦士が立ちはだかった。彼らは2年前に月形たちによって殺された友の敵を討つため、そしていつかやってくるであろうボルトの襲撃に備えて訓練を続けた天宮勇介、大原丈、岬めぐみの3人だ。昔の仲間と戦うことに苦悩しながらも、科学アカデミアの技術を駆使して正義のために激闘を続けるライブマン。だがビアスもドクター・アシュラを生み出すなど増強、そしてボルトの科学力の結晶である「ギガボルト」により、ライブマンは最大の危機を迎えてしまう!そこに突如現れた二人の戦士、矢野哲也と相川純一がライブマンのピンチを救う。彼らは二年前に殺された、卓二と麻理の弟たちだった。新たな仲間、そして新たなロボとともに、ボルトとの決戦に臨むライブマンたち。しかし、大教授ビアスの真の目的はまだ誰も知らなかったのだった…。