ゴジラ生誕30周年を記念して、前作から9年ぶりに製作された「ゴジラ」シリーズ第16作。大黒島噴火の折に消息を絶っていた一隻の漁船が発見された。船からは放射能の影響で巨大化したフナムシが発見され、ただ一人救助された生存者は巨大な生物を目撃していた。生物学者・林田はゴジラが蘇ったと断定。原子力発電所を襲ってエネルギーを蓄えたゴジラは、自衛隊の精鋭部隊が待ち構える東京湾に姿を現した。林田は火山の爆発火口にゴジラを誘導し落とし入れる計画を実行すようとするが・・・。