消滅する人間を目撃したため謎の組織デストロンに命を狙われた本郷猛の後輩・風見志郎は、同じく命を狙われていた珠純子をかくまったため、ハサミジャガーの手によって父・母・妹を殺されてしまう。仮面ライダー1号と2号はデストロンのアジトに潜入するが、改造人間分解光線を浴びせられ窮地に陥る。だが、そこへ飛び込んで来た志郎が身を挺して光線を遮り、1号と2号を救うのだった。1号と2号は志郎の命を蘇らせるために改造手術を施し、ここに仮面ライダーV3が誕生した。家族の仇であるハサミジャガーを倒したV3だが、ダブルライダーがカメバズーカの最期と共に姿を消したため、体内の26の秘密を解明しながら一人でデストロンとの戦いを続けていく。V3抹殺を企むデストロンは大幹部ドクトルG、キバ男爵、ツバサ大僧正を送り込むが、生きていた1号・2号の協力も得ながら戦うV3によってことごとく粉砕されてしまう。そして、デストロン最後の大幹部であるヨロイ元帥も、元帥の裏切りによって組織を追われた科学者・結城丈二が姿を変えたライダーマンの活躍とV3の力によって倒され、大首領の最期と共にデストロンの野望も潰えたのだった。