謎の科学者・ドクターギバ率いる犯罪組織バイオロンのバイオノイドに脅かされていた日本。セントラルシティ署の刑事であった田村直人はバイオロンの襲撃に合い、五十嵐博士とその孫娘・まゆみを救うために命を落としてしまった。しかし、五十嵐博士が提唱していたジバン計画により、彼は対バイオロン用に開発されたロボット「機動刑事ジバン」として蘇ったのだ!普段はセントラルシティ署の新米刑事として先輩や上司に叱られながら捜査にあたるが、バイオロンの影を察知すると、数々の強力な武器とサポートメカを駆使してバイオロイドを追いつめる。しかし、バイオロンも次第に凶悪・狡猾になってきた。ドクターギバは対ジバン用にJ(ジバン)キラー・マッド・ガルボを生み出す。さらに月からやってきたクイーンコスモの襲撃も受け、ジバンは絶体絶命のピンチに。この苦境を乗り切る逆転の策、JPU計画が発動。ジバンはオートデリンガー・ニードリッカーなどの強力なウエポンを使いこなす「パーフェクトジバン」となって、バイオロイドに、ドクターギバに立ち向かう!