西暦2000年。日本アルプスの九郎ヶ岳遺跡で、奇怪な事件が発生。友人の沢渡桜子が遺跡の古代文字の調査を行なっていたことから遺跡を訪れた冒険家の青年・五代雄介は、そこで不思議な鼓動を発する謎のベルトと遭遇する。やがて、事件を追う長野県警の一条刑事が桜子にベルトの文字解読を依頼したことからベルトと再会した雄介は、突如出現した怪人に襲われる中、咄嗟にベルトを装着し、戦士クウガに変身した。超古代の変身ベルトを受け継ぎ、戦士クウガとなった雄介は、彼が最も愛する人々の笑顔を守るため、人類を脅かす怪人たちと対決する。