「ゴジラ」シリーズ第21作。宇宙空間のG(ゴジラ)細胞から生まれた宇宙怪獣スペースゴジラ、究極の対ゴジラ兵器モゲラ、ベビーゴジラの成長形・リトルゴジラ、ミニサイズのモスラ=フェアリー(妖精)モスラが登場。G(ゴジラ)対策センターは、対ゴジラ兵器・モゲラによるMプロジェクトと、テレパシーでゴジラを制御しようというTプロジェクトを進めていた。Gフォースの隊員・新城と佐藤は、Tプロジェクト遂行のため、ベビーゴジラが巨大に成長したリトルゴジラのいる南太平洋のバース島に送られた。ある日、G対策センターのモニターに映ったのは、宇宙に飛散したG細胞から生まれた凶暴な戦闘生物スペースゴジラの姿。スペースゴジラはゴジラに引き寄せられるように地球に向って来た・・・。