廃品を使って手作りのパソコン＜ジャンク＞の立ち上げを試みる翔直人、井上ゆか、馬場一平の仲良し3人組と、同級生で孤独な秀才・藤堂武史。ある日、彼らが住む街・桜が丘の電話回線に、異次元宇宙から脱走してきた奇怪な力を持つ魔王カーンデジファーが侵入。武史の歪んだ性格に目をつけたカーンデジファーは、武史のパソコン内に居座り、武史を操ってコンピューター・ワールドを支配する事で現実世界を征服する作戦を始動させた。そんな中、直人たちの＜ジャンク＞に、カーンデジファーを追って異次元からやって来た実体を持たないエネルギー状の生命体・ハイパーエージェントが出現する。ハイパーエージェントは一平がCGで作ったヒーロー・グリッドマンの姿と名前をもらい、直人と合体。コンピューター世界でカーンデジファーの放つ怪獣達との戦いに挑む。