2001年。平和なとある日の週末。獅子走にとってこの日が転機となった。街を歩いていると、突然襲撃音が鳴り響いた。角を生やした鬼が、ガオレンジャー達4人と闘っていたのだ。その時!!パレードに参加していた象が、興奮して暴れ始めた。しかし、獣医である獅子は、廻りの人々の静止も聞かずに象に近寄り、即座に手なずけた。そんな獅子の様子を見ていた巫女のテトムは呟いた。「見つかりました。5人目の戦士が」獅子の運命はいかに?

獅子走はオルグが悪さをする目的を突き止めて、悪さをするのをやめるように話し合いたいと考えていた。しかし、鷲尾を始め他のメンバー達は一笑に付したのであるが。そんな矢先。車の中で寝ていたタクシーが、ハリガネオルグによって潰されるという事件が起きた。一刻でも早く、オルグを退治せねばと、ガオズロックは、事件が起きた黒潮町に移動する事になった。そこで、対峙したハリガネオルグは???また、獅子の目論みは達成できるのであろうか???

ツエツエ達の聖地であるマトリックスに邪悪な衝動を持つハイネスデューク・シュテンが生まれた。そして、ツエツエ・ヤバイバ達に新たな指令が出された。その頃、篠山市では。中学生である拓哉が手に入れたカメラによって映された人の姿が消えてしまうという事件が起こっていた。カップル達を救出しようとしたガオイエローは、そのカメラによって映され透明人間になってしまった。このままの状態が続くと、生命エネルギーが尽きて死んでしまうだろうとテトムは言った。岳を助けようと獅子はガオズロックを飛び出した。拓哉の持つ不思議なカメラはカメラオルグだったのだ!段々弱っていく、イエロー。果たして、彼の姿は戻るのか!?

鮫津は牛込を引き連れて、オルグが出るという噂の謝恩寺に他のメンバーに内緒で侵入捜査をするが、大失敗。鮫津は住職の足音を勘違いして、怪我を負う。鮫津は牛込のせいで失敗したと怒る。そんな二人の関係に、獅子は疑問を感じている。鮫津の方が年下なのだ。その頃、テトムが、謝恩寺から、今まで見たことのない聖なる波動と邪なる波動を見つけた。この邪なる波動を使いツイリガネオルグは自分の持つ鐘の響きを思う存分鳴り響かせようとする。しかし、この聖なる波動はなにか?シュテンも、この不思議な聖なる波動に気づき謝恩寺に赴くことになった。果たして、この波動とは!?そして、シュテンとの闘いはどうなるのか?

聖なる波動を持つ不思議な石と巻物を手に入れたガオレンジャー達。その正体はいったい何か?。しかし、石が発した力によってもたらされた火によって、巻物は虫食いの状態になっており、解析は悪戦苦闘。そんな時、街にはタイヤオルグが出現。バイクや車が次々に衝突事故を起してしまい、街は大混乱。ガオレンジャー達は、タイヤオルグ退治に出動しなくてはならず・・・。その様子を見た、テトムは一人街に出て調査を始めようとするが、絶対にハプニングが起きないはずはない!!そして、ツエツエ・ヤバイバが今までの失敗を帳消しできると見込んでスカウトをしたタイヤオルグ。その威力は、かつてないほどであり・・・。何かが起こる!

大安市の公園。平和なその一日をウェディングドレスオルグが壊した。「なかなか、美しい」そう言うと、OLを一人担ぎ上げて逃亡してしまった。パトロール中のガオレンジャー達がその姿を発見して後を追いかけるが"結婚式場 大安苑"で、そのオルグの姿を見失ってしまった。が、ガオブラックはその結婚式場で着付けを担当する島田に一目惚れしてしまった。島田さんで頭が一杯になり、他の事に手が廻らない牛込。しかし、大安苑からの邪道な波動はまだ消えていない。怪しまれずに、大安苑の中を捜索する為にガオレンジャー達は各々変装して、潜入するが・・。

鮫津はガオキングが惨敗する夢を見た。その時、「まだらの槍を使うのです」と不思議な声がして、驚き、目が覚めた。そんな鮫津が、漁港で一人の少年(三崎大洋)に出会った。大洋の父は、漁船に乗って三日前に戻ってくるはずだったのにまだ帰って来ないという。「なんかあったら、ボトルに手紙を入れて流すから」と大洋の父は彼に伝えており父親を心配して、港で待っていたのだという。そんな時、帆船オルグが港で暴れ始めた。皆が逃げ出す中、大洋は帆船オルグを見て驚いた。「父ちゃんの、ボトルが・・・返せ!」しかし、帆船オルグは暴れつづけており、そんな様子を見た鮫津は「俺に任せろ!」叫び、オルグに向かって行く。

ガオズロックの中に落とし物が。それは、獅子のパスケースであった。こっそり中を開くと、なんと、獅子が同年代くらいの女性(美咲)と仲良く写っているものであった。誰?誰?「きっと、恋人です。私も、恋人が欲しいなあ」と冴。そんな時、泉の波動が大きくなった。東区にオルグが出現したという。東区…それは、獅子が勤務していた病院があった街であった。慌てて、駆けつけるガオレンジャー達。しかし、そこで、シグナルオルグの光線を受けた獅子。どーやら、記憶を失ったみたいである。それに、獅子以外の4人も獅子の居場所を見失ってしまい…。

ガオイエローが1人パトロール中、各々が持つ携帯電話から超音波が流れ出し悶絶する人達に出会った。それは……携帯電話オルグの仕業であった。「ガオアクセス!」と鷲尾がGフォンを取り出した瞬間「あの恰好イイ携帯電話が欲しい!!!」と携帯電話オルグがGフォンを狙って、攻撃を仕掛けてきた。そして、オルグの放つ超電磁波に包まれ、変身も解除されてしまった。オルゲットの攻撃を受けて、意識が遠のく鷲尾。道端に倒れた彼を助けたのは、二人の少年であった。

ガオライオンの体調が優れないようだ。テトムが先代の巫女から聞いた唯一の治療方法。それは、聖なる森にある「輝きのキノコ」を食べさせるという事。すかさず、5人は森を目指す事にした。しかし、その森があるはずの場所に着くと、そこは、山を切り開かれて作られたニュータウンになっていた。「諦めずに探さなきゃ!」と獅子が決意した瞬間5人の体は虹に包まれた・・。ここは何処なのか?日増しに弱っていく、ガオライオンを助けなければ!『五人の侍』たちの闘いは?答えはテトムだけが・・・・いや、テトムも解らない。一刻でも早く!と、ガオレンジャー達は森を疾走する!!

「一刻でも早く、ガオレンジャーを倒さねば、奴らどこまでいい気になるか解らん!」シュテンの怒りは頂点に達した。これ以上お仕置きを受けたくない、ツエツエ・ヤバイバも焦りを感じ始める。そんな矢先、冴の元に父親から電話が入った。彼女は、九州から単身上京して、武道の専門学校に通っている事になっている。しかし、実際はテトムにガオレンジャーとしての能力を見出されてからは学校には行かず、ガオズロックで寝泊りしてオルグと戦う毎日。冴は慌てて自宅アパートに戻り、料理をしたりと大騒ぎ。なんとか、父親と約束している時間に間に合いそうかなと思ったその時Gフォンが・・。オルグが出現したのだ・・。

怒りに震えるシュテンの気持ちを押さえる為に、ツエツエとヤバイバはガオレンジャー達を今度こそ倒せるであろうオルグを探すのに一生懸命。そして、今回見つけ出してきたオルグは、コピーオルグ。一見、声も姿も可愛らしいのであるが不思議な能力を持っていた。相手の形を真似できるのである。その頃、ガオズロックでは、ガオライオンを直す唯一の方法と思われるキノコをどう用いるか、大騒ぎしていた。テトムの知識によれば、この卵を聖なる山に持っていかねばならないと。テトムを先頭に、ガオレンジャー達は山道を歩き始めた。コピーオルグを、連れてツエツエ・ヤバイバは彼らの後を追い始める。

黒羽の谷で、ガオソウルをたっぷり吸収したガオの卵から、ついに「幼態」(通称:ピヨちゃん)が生まれる。そのかわいらしい表情に、テトムも含めガオレンジャー達は舞い上がってしまう。その頃、悪の本拠地、マトリックスでは、シュテンの怒りは最大限に。そして、ついに自らの出陣を決意する。舞い上がるガオレンジャー達。それに対して、シュテンはオルゲットを率いて街を荒らしながら叫ぶ。「人間どもよ、オルグの恐怖を知るがよい!!!」ガオレンジャー最大のピンチ!

フリーザーオルグの冷凍光線により、凍りついたガオマッスル。Gフォンも凍り付いてしまって、変身も出来なくなっており獅子の耳にも、ガオライオンの声が聞こえなくなってしまった。変身できず、人間の姿のままのガオレン達にも、シュテンは容赦なく襲い掛かる。ちょうどその時、ガオマッスルが凍りつくと同時に凍り付いてしまった、ガオの幼態・ピヨちゃんが、ブルッと震え、鼓動が蘇った。しかし、苦戦は続く・・。「ピヨちゃん!頑張って!皆も頑張っているのよ!」テトムが悲痛な叫びが上げるのだが・・・。

シュテンを倒した!と思うも束の間新しいハイネスデューク・ウラが登場した。衝動のまま暴れ回るのを主としたシュテンの作戦と異なりウラは、美しいものを集めるのが趣味!?一見変わっているが、冷酷な性格の持ち主。シュテンに見放されつつあったヤバイバ・ツエツエは、新しいボス・ウラに認め られようと大張り切り。喜ばせようと、何でも吸収できる掃除機オルグと、飛び廻るのだが・・。その頃、ウラはただ一人、鬼塚山で何やら忙しそう。果たして・・・。

突然出現したロウキに完膚なきまで倒されてガオエレファントの宝珠を取られてしまったガオレン達。特に、ホワイトは落ち込んでいる。そして、前話で、ガオエレファントの宝珠を取られてしまい途方にくれているガオホワイトが、フラフラとロウキの居る鬼塚山の方に・・。そこには、ツエツエ・ヤバイバ達も待ち構えており・・。4人は慌てて、鬼塚山に向かうのだが・・・。

ロウキに負けてたまるかと、鮫津・サエ・牛込の三人はジョギングに。その時、売店のスポーツ誌に「鬼ヶ平高原で巨大象発見!」との記事が・・。自分のせいでガオエレファントが取られたと胸を痛めているサエは気になって仕方がない。ありえないという牛込を尻目に気はやさしい鮫津が「賭けてみる価値はあるぜ!」と2人は「バス」に乗って鬼ヶ平高原に向かうことに。しかし、なんとその売店のおばちゃんの正体はツエツエ。2人は"居場所に悩む悪の中間管理職"ツエツエ・ヤバイバの術中にはまってしまうのか!2人だけで平気なのか!牛込・獅子・鷲尾は慌てて追いかけるのであるが・・・

ガオジュラフまで取られてしまったガオレンジャー達。落ち込んでしまい、なかなか士気があがらない。レッドが一生懸命励ますのだが・・。その時、ガオズロック・聖なる泉に波動が。ガオ達が出動した時、ロウキは時計オルグを連れて、待ち構えていた。「この闘いに邪魔者は不要」とロウキは時計オルグに命じ、ガオレッドと他の4人を分断させる事に。イエローたち4人は原始時代に。反撃しようとすると時計オルグにまた違う時代に飛ばされ・・。面白いようにあしらわれる。その頃、レッドは、ロウキと一対一の戦いを始めている。彼等の運命は如何に????

ガオレンジャーになる前に働いていた花屋で同僚だった詩織に再開した牛込は、また恋に爆進する。デレデレしている牛込に対して、怒り始める鮫津。「ガオレンジャー失格だ!」と。鮫津の怒りを見て牛込はガオレンジャー脱退を決意。その頃、ロウキにいつも先を越され、自分の居場所に困る中間管理職・ツエツエ・ヤバイバコンビ。見返してやる!と立ち上がる。牛込が詩織の元に行き「結婚しよう!」と告げた時、なんとヤバイバに詩織が捕らえられ…。しかも、詩織には隠された秘密もあり…。果たして、牛込の享受はいかに?そして、詩織に隠された秘密とは?

深夜、ガオレンジャー達が床に就こうとしていた時、獅子の目に入ったのはテトムと鷲尾が密談をしている不思議な光景。「明日、現地集合で午後3時に」 えっ?デート?その頃、ロウキは恨みの念を強く持つオルグを見つけ、その封印を解いた。そのオルグの名前はバイクオルグ(ナナハンバージョン)。昔、鷲尾がガオレンジャーになって初めて倒したバイクオルグ(50ccバージョン)が封印を解かれパワーアップしたものであった。七夕の日に一年ぶりに再開したバイクオルグとガオイエロー。そして、テトムと鷲尾の隠密行動の秘密は?そして、力みなぎるロウキが取った行動とは?