亡き父(西村和彦)のようなゴーストハンターになるため、修業するタケル(西銘駿)だが、肝心のゴーストが見えないことにはやる気すら起きない。そんな折、街では奇妙な事件が続発。タケルのもとには父から眼魂(アイコン)が届けられる。その眼魂を手にしたタケルは、2体のゴースト、眼魔(ガンマ)に襲われ命を落としてしまう。死の世界へと旅立ったタケルは、その途上、仙人(竹中直人)と出会い、仮面ライダーゴーストに変身する力を授かった。ユルセン(声・悠木碧)とともに現世へと舞い戻ったタケルはゴーストに変身。槍眼魔を倒すと、武蔵の力を得てゴーストムサシ魂に変身。刀眼魔を打ち倒す。蘇ったタケルだが、仙人によると99日の間に15個の眼魂を手に入れなければ生き返ることは出来ないという。あと98日で14個…。いったいどうすれば!?タケルの戦いの日々が幕を開けた。

次に現れる英雄は誰なのか?なんとしても、あと14個の眼魂(アイコン)を集めなければ…、と焦るタケル(西銘駿)だが、仙人(竹中直人)は「エジソン」という言葉を残して消えてしまう。奇妙な発明に熱中する発明家・園田(南部虎弾)の研究所の周辺で奇妙な現象が続発。園田がエジソンに心酔していることを知り、タケルは目を輝かすが、園田は電気眼魔(ガンマ)に操られていた。電気眼魔の力を借りて、眼魔を呼び寄せるガンマホールを作る装置を開発してしまった園田。タケルはゴーストに変身。呼び出すことに成功したエジソンゴーストを一度は電気眼魔に奪われたものの、イグアナゴーストライカーで奪還すると、ゴーストエジソン魂にチェンジ。電気眼魔を粉砕する。園田は一人の男にそそのかされ、暴走したと反省するが、その男とは何者なのか?タケルはゴーストハンターとして眼魔を倒しつつ、英雄の眼魂を探すことを決意。アカリ(大沢ひかる)、御成(柳喬之)もタケルに協力、本格的な戦いの日々がスタートする。

不当にため込んだ金を盗み、貧しい人に配る怪盗リトルジョンによる事件が続発した。リポーターのマリ(滝裕可里)はリトルジョンの犯行を「ロビンフッド」に例えて義賊と賞賛。理不尽な暴力で父の命を奪われていたマリは、隠れた悪に敵意を抱いていた。リトルジョンから美術品を守って欲しいという依頼が不可思議現象研究所に舞い込んだ。現れたリトルジョンに立ちふさがる御成(柳喬之)だったが、斧眼魔(ガンマ)も出現!タケル(西銘駿)はゴーストに変身!しかし、斧眼魔には逃げられ、リトルジョンにはロビンフッドの弓矢を盗まれてしまった。御成がリトルジョンの隠れ家を発見した。タケルとアカリ(大沢ひかる)が駆けつけると、リトルジョンの正体は父の無念を晴らそうとするマリだった。斧眼魔はマリの思いを利用し、その命と引き換えにゴーストを呼び出そうとしていた。マリを犠牲にして眼魂(アイコン)を手に入れるわけにはいかない。タケルはマリを抱きしめ、目を覚まさせると、ロビンフッドのゴーストを呼び出し眼魂に。ゴーストロビン魂にチェンジすると、ガンガンセイバーアローモードで斧眼魔を粉砕する。

大企業の羽柴社長(湯江健幸)の性格が突如横暴になり、社内の物が浮かび上がる不可思議現象が発生した。相談を受けたタケル(西銘駿)らは調査を開始。タケルは社内でブック眼魔(ガンマ)を発見、ゴーストに変身するが取り逃がしてしまう。調査を続けたタケルは、羽柴が秘書の理沙(渡辺舞)によってたきつけられ、強引に会社を買収していたことを知る。やがて、その関連会社のある位置を地図上でつなぎ合わせると眼の形になることが判明。その形に合わせた土地が浮上する。信長を信奉する羽柴は、理沙に言い含められるままにその土地を安土城だと宣言。タケルはそんな羽柴を元の真人間に甦らせると、現れたブック眼魔と理沙を乗っ取っていた眼魔アサルトを粉砕する。ゴーストは信長ゴーストを呼び出すが、突如現れたライダーにノブナガゴースト眼魂(アイコン)を奪われてしまう。新たなライダーは一体何者なのか?眼魂を奪った目的とは?

廃校となり、誰もいないはずの小学校で謎の銃撃事件が発生した。相談を受けたタケル(西銘駿)は、その小学校でマシンガン眼魔(ガンマ)を発見。ゴーストに変身し、逃げるマシンガン眼魔をゴーストライカーで追跡する。しかし、突如現れた謎のライダー、スペクターに邪魔をされると、一方的に攻撃され、エジソン眼魂(アイコン)を奪われてしまう。皆の命を守るために戦う、というタケルに「お前は甘い、考えも戦う覚悟もすべてが甘い」と言い放つスペクター。タケルはその言葉にショックを受ける。小学校にいる市役所職員が眼魔に乗っ取られていることがわかった。タケルはゴーストに変身し、その眼魔を撃退。が、マシンガン眼魔を前にアカリ(大沢ひかる)と御成(柳喬之)を人質にとられ、ゴーストは手を出せなくなってしまう。そこへマコト(山本涼介)が現れ、スペクターに変身。マシンガン眼魔を撃破し、ニュートン眼魂を奪おうとする。が、ゴーストは必殺のキックでなんとかニュートン眼魂を奪還。スペクターも諦めて去っていく。自分には皆を守ることはできないのか…。悩み続けるタケルだが、一方のマコトも眼魂を手に「待ってろよ」とつぶやく。その目的とは…!?

仙人(竹中直人)によると、次に現れる英雄はベートーベンらしい。勢い込むタケル(西銘駿)だが、スペクターの出現で不安や恐怖を抱えているため姿を消した状態に。陽子(小林里乃)の兄で音楽家の康介(中山龍也)の周囲で音が消える不可思議な現象が起きた。そんな康介とベートーベンを重ね合わせるタケル。案の定、音符眼魔(ガンマ)が出現。タケルはゴーストに変身するが、またも現れたスペクターに邪魔をされる。名曲を作り、自らは死んで歴史に名を残すという康介。そんな康介を説得するアカリ(大沢ひかる)の言葉に目覚めたタケルは、「俺は俺を信じる」と自分を取り戻すと、康介を抱きしめ、その命を救う。そしてベートーベンゴーストを呼び出し、眼魂(アイコン)にすると、ゴーストベートーベン魂へ。音符眼魔を一気に粉砕する。そんな様子を見ていたマコト(山本涼介)は、今回だけは花を持たせてやる、と静観。不安や恐怖を消し去ったタケルに、仙人は一人「次の準備にかかるか」と謎めいた言葉をつぶやく。

仙人(竹中直人)の書き置きから、次の英雄がビリー・ザ・キッドと悟ったタケル(西銘駿)。親友の智則(福山翔大)の様子がおかしい、という恒男(黒木辰哉)の依頼を受け、彼らが住む団地へと向かう。その団地にインセクト眼魔(ガンマ)が出現。タケルがゴーストに変身するとスペクターが割って入るが、自分を信じることを選んだゴーストは堂々と渡り合う。戦いを終え、変身を解除したマコト(山本涼介)。妹眼魂(アイコン)を手にする彼の前に、謎の男=西園寺(森下能幸)が現れて…。西園寺が手に入れたビリー・ザ・キッド眼魂を、御成(柳喬之)とアカリ(大沢ひかる)が奪いとった。2人は眼魂を手にタケルのもとへと急行する。そのころタケルはインセクト眼魔に操られていた団地の住人を救出。アカリらから受けとった眼魂でゴーストビリー・ザ・キッド魂にチェンジし、インセクト眼魔を撃破…と思われたが、インセクト眼魔は巨大眼魔に。ゴーストはイグアナゴーストライカーで立ち向かう!

再びマコト(山本涼介)の前に現れた西園寺(森下能幸)は、自分がかつてタケル(西銘駿)の父・龍(西村和彦)とモノリスを眼魔(ガンマ)世界とつなげる実験をしていたことを告白する。マコトの妹・カノンが眼魂(アイコン)となったのも、龍の実験が原因なのか。西園寺の言葉にマコトの心は揺れる。マコトはタケルに龍の実験について問いただす。その言葉にタケルはスペクターの正体が幼なじみのマコトであることを初めて知る。なぜマコトが自分に戦いを挑むのか。マコトと妹のカノンに何があったのか?スペクターはタケルの疑問に答えようともせず…。インセクト眼魔が智則(福山翔大)を利用し、モノリスを作っていた。現場を発見したタケルはゴーストに変身。智則を救い、インセクト眼魔をついに粉砕する。スペクターの正体がマコトであることをタケルに教えられ、アカリ(大沢ひかる)も声を失う。一方、マコトはカノンのために、タケルから眼魂を奪うことを改めて誓う。そんなマコトにカノンが何かを語り掛け…。

10年前に失踪した物理学の権威・五十嵐博士(モロ師岡)が使っていた研究所で不可思議現象が起きた。五十嵐はタケル(西銘駿)の父・龍(西村和彦)とも親しかったらしい。父の研究の秘密がわかるかもしれない。タケルらは調査を開始する。タケルの前に現れた五十嵐は、龍の死とともに全てが失われたと絶望を露にする。それでも必死に10年前に何があったのかを聞き出そうとするタケルの熱意に打たれ、ついにすべてを語ろうとする。しかし、青竜刀眼魔(ガンマ)によって五十嵐は傷つき、五十嵐の思いからタケルはベンケイゴースト眼魂(アイコン)を作り出す。タケルはゴーストに変身、ゴーストベンケイ魂にチェンジし青竜刀眼魔を追い詰める。が、その戦いにマコト(山本涼介)が割って入った。マコトはスペクターに変身するが、ベンケイ魂の必殺技で変身を解除。マコトの妹カノンが眼魂に囚われていることがわかる。眼魂を15個集め、カノンを生き返らせる…。マコトの思いを初めて知ったタケル。その一方でアラン(磯村勇斗)、西園寺(森下能幸)の黒い野望がゆっくりと動き始めていた。

15個の眼魂(アイコン)を集めて自分の命ではなく、マコト(山本涼介)の妹カノンを助けたい。タケル(西銘駿)は、そんな思いをマコトに伝えるのだが…。その一方でアカリ(大沢ひかる)のタケルを思う気持ちを知り、タケルは自らの行動に後ろめたさを感じる。西園寺(森下能幸)に操られたシブヤ(溝口琢矢)によって、タケルの眼魂が奪われてしまった。タケルはゴーストに変身、シブヤを助けると青竜刀眼魔(ガンマ)をも打ち破り眼魂を取り戻す。そこへ青竜刀眼魔に眼魂を奪われていたマコトが現れるが、ジャベル(聡太郎)が幹部眼魔(ガンマ)に変身。ゴースト、スペクターに激しい攻撃を仕掛ける。一方的に打ちのめされたゴーストとスペクター、タケルの持っていたすべての眼魂がその場に飛び散ってしまう。その様子をうかがっていた西園寺がすべての眼魂を回収。西園寺のカバンの中で、ついに15個の眼魂がそろってしまった。周囲にバリヤを張り巡らした西園寺は、一人15個の眼魂を手に大天空寺の研究室へ。そしてモノリスの前に立つと…!?

15個の眼魂(アイコン)を手に入れ、モノリスの前で“儀式”を始めた西園寺(森下能幸)だったが、身体が発光すると粒子になって消えてしまう。“儀式”によって上空に現れたグレートアイに吸い込まれたタケル(西銘駿)は、「深海カノンちゃん(工藤美桜)を生き返らせてくれ」と望みを口にし、カノンを抱いて地上に戻る。上空のグレートアイが消え、眼魂が地上に降り注いできた。アカリ(大沢ひかる)、御成(柳喬之)らはタケルと必死で眼魂を集めるが、そこにジャベル(聡太郎)が現れ眼魔(ガンマ)スペリオルに変身。タケルと駆けつけたマコト(山本涼介)の前に立ちはだかる。タケルとマコトはゴースト、スペクターに変身。初めて力を合わせ、スペリオルを追い詰めるが、アラン(磯村勇斗)によって戦いは中断。残るグンダリを粉砕する。タケルに妹を救われ喜びを露にするマコト。しかし、タケルは…。アカリは笑顔を曇らせる。

マコト(山本涼介)の妹・カノン(工藤美桜)を15個の眼魂(アイコン)で救ったタケル(西銘駿)。今度は自らの命を救うため、アカリ(大沢ひかる)、御成(柳喬之)らと改めて眼魂を15個集めようとする。15個まであと4個。しかし、1個も見つけられないまま、ついに期限の日を迎えてしまう。その日、ゴーストに変身しジャベル(聡太郎)と戦うタケルだったが、変身を解除。タケルの身体は光の粒子となって消えてしまう。異空間にやってきたタケルは父・龍(西村和彦)と再会。龍は「お前が15人の英雄の心をつなげ、未来へと導くのだ」とタケルを抱きしめる。すると、龍の身体が光となり、タケルの身体に吸い込まれて…。金色の炎を放ちながら蘇ったタケルは、苦戦するマコトらの前でゴースト闘魂ブースト魂に変身。圧倒的な力でジャベルを粉砕する。復活を喜ぶアカリらだったが、タケルは生き返ったわけではなく、ただリセットされただけ。タケルは父の言葉を胸に、この日から99日の間に15個の眼魂を探す決意をする。

リョウマ眼魂(アイコン)に身体を乗っ取られ、坂本龍馬となった男が現れた。男はタケル(西銘駿)に「薩長同盟をなしてみろ!」とけしかけるが、なんのことやら…。プラネット眼魔(ガンマ)による通信障害で人々が倒れる被害が続出した。タケルはゴーストに変身するが、蘇った刀眼魔が立ちふさがった。苦戦するゴーストだったが、マコト(山本涼介)がスペクターに変身して加勢。2体は逃走する。リョウマ眼魂に乗っ取られた男=長正(二宮康)は宇宙開発という壮大な夢を抱いているが、手助けをしてほしい父・薩之進(清水章吾)と対立しているという。タケルは“薩長同盟”とは“薩”之進と“長”正の父子を仲直りさせることだと悟る。アラン(磯村勇斗)の命を受けた刀眼魔がタケルを亡き者にしようと現れた。タケルはゴーストゴエモン魂に変身し、刀眼魔を粉砕する。しかし、プラネット眼魔による大規模な通信障害が始まってしまった。その様子にアランは満足げな笑みを浮かべて…。

薩之進(清水章吾)と長正(二宮康)を仲直りさせる“薩長同盟”に奔走するタケル(西銘駿)。プラネット眼魔(ガンマ)による通信障害の一件をアカリ(大沢ひかる)、御成(柳喬之)らに任せると、マコト(山本涼介)もサポートに加わる。薩之進が頑なな理由が、長正の兄を事故で失ったことが原因とわかったタケルは「薩之進さんと長正さんが頑張ればお兄さんと一緒に見た夢が叶う」と説得。心を動かされた薩之進は、人工衛星の開発を再び始めようと長正とがっちり握手する。プラネット眼魔が薩之進が設計した衛星を乗っ取り、人々の魂を集め始めた。怒りに震えるタケルはゴーストに変身。マコトもスペクターに変身し、プラネット眼魔、眼魔コマンドに立ち向かう。スペクターは怒りを露にするアラン(磯村勇斗)に苦戦するものの、ゴーストはリョウマ眼魂(アイコン)でゴーストリョウマ魂にチェンジ。キャプテンゴーストで宇宙まで飛び出すと、プラネット眼魔を粉砕する。リョウマ眼魂の声が聞こえるようになったタケル。英雄の心をつなげるため、ムサシ眼魂の声も、と気持ちを新たにする。

アラン(磯村勇斗)の「私がその気になれば、君は妹と一緒に生活できなくなる」との警告を無視したマコト(山本涼介)に復活したジャベル(聡太郎)が襲い掛かった。マコトはスペクターに変身するが、眼魔スペリオルに痛めつけられ、妹のカノン(工藤美桜)を連れ去られてしまう。フーディーニ眼魂(アイコン)が使えるようになれば…。体を張ってフーディーニ眼魂と向き合い、傷つくマコトだが、自分の手でカノンを救うと言われタケル(西銘駿)も手が出せない。ジャベルに呼び出されたマコトはスペクターに変身。ジャベルに追い詰められるが、ついにフーディーニ眼魂が反応、フーディーニ魂にチェンジすると、眼魔スペリオルがグンダリと合体し巨大化したグンダリ(ジャベル融合態)を粉砕する。新たな力を得て、さらにタケルとの絆を強めたマコト。一方のタケルもムサシ眼魂の中でムサシと会話することに成功した。15人の英雄たちの心をつなぐことに一歩前進したタケル。そのころ一人の男が見慣れぬ眼魂を手にしていた。その眼魂には“NECROM”の文字が!?

けじめをつけたらタケル(西銘駿)と同じように龍(西村和彦)さんの意志を継いで戦う…。マコト(山本涼介)の決意を聞くタケルだが、マコトはけじめをつけるために眼魔(ガンマ)の世界に戻るという。眼魔の世界とはいったい何なのか?大量の眼魔コマンドが出現した。タケルはゴーストに、マコトはスペクターに変身するが、その戦いの輪の中に新たなライダーネクロムが現れた。その正体はアラン(磯村勇斗)!?ネクロムは圧倒的な力でゴーストとスペクターを翻弄。ゴーストらは一旦退避する。カノン(工藤美桜)によるとアランとマコトは親友だったとか。ならば、きっとわかり合えるはず。思い悩むタケルだが、そのころマコトは一人アランと対峙。ついに一騎打ちとなってしまう。御成(柳喬之)から知らせを受けたタケルはゴーストに変身し、ネクロムとスペクターの戦いに割って入る。「友達なのにどうして戦う!」というゴーストを理解しないネクロム。ゴーストもネクロムの「命や体に意味がない」という言葉が理解できない。ネクロムの圧倒的な攻撃にゴーストとスペクターはついに変身を解除。悠然と去っていくアランの真意とは?

霧の中で若い女性ばかりが襲われる事件が続発する中、タケル(西銘駿)らの前に事件発生を予知する謎の女性・美和子(恒吉梨絵)が現れた。突然、逃げ出したニュートン眼魂(アイコン)を探すタケルに代わり、御成(柳喬之)とアカリ(大沢ひかる)が現場へ向かう。御成らは女性を襲うナイフ眼魔(ガンマ)を発見。助けにきたマコト(山本涼介)がスペクターに変身するが、アラン(磯村勇斗)がネクロムに変身しスペクターを一蹴。マコトのドライバーにネクロム眼魂を装填し、ネクロムスペクターに変身させてしまう。美和子の予知により、アカリと御成は再びナイフ眼魔と対峙。しかし、イゴール(山本浩司)に追いつめられたアカリは、御成と美和子を庇いナイフ眼魔の攻撃に倒れてしまう。怒ったタケルはゴーストに変身。すると美和子からヒミコ眼魂が分離、ゴーストはヒミコ魂にチェンジし、ナイフ眼魔を撃破する。ホッとするタケルらだったが、またもニュートン眼魂が逃走。必死で追いかけるタケルを、アランとネクロムスペクターが見つめて…。

科学者のニュートンと非科学的な神秘を信じる卑弥呼。どうやら2つの眼魂(アイコン)は相性が悪いらしい。眼魂の対立は眼魔(ガンマ)の世界と人間界の関係と同じなのかも!?そんな思いを巡らせていたタケル(西銘駿)は、突如眼魔の世界へ。殺伐とした情景にタケルは息を呑む…。兄のマコト(山本涼介)を探すカノン(工藤美桜)は、アラン(磯村勇斗)に協力を依頼する。気まずい思いを抱えながら承諾するアランだったが、タケルが現れ事態は一変。タケルがゴーストに変身すると、アランはネクロムスペクターを呼び出しタケルと戦わせる。豹変した兄の姿にショックを受けるカノン。タケルはマコトを取り戻すことを誓う。イゴール(山本浩司)にリベンジをと立ち向かうアカリ(大沢ひかる)は、自分を庇って倒れた御成(柳喬之)を見て激怒。強烈な一撃を眼魔スペリオル・ナイフにお見舞いする。タケルもゴーストに変身、眼魔に立ち向かうが眼魔が放つ霧の力に苦戦をしいられる。しかし、アカリと御成の固い絆に共鳴したのか、ニュートン眼魂がヒミコ眼魂との共闘を宣言。2つの眼魂の力を借りたゴーストは霧を吹き飛ばし、眼魔スペリオル・ナイフを倒す。そのころアランは一人、成長したマコトと出会ったころのことを思い出していた…。

描くものが次々と抽象画化してしまう画材眼魔(ガンマ)が現れた。とはいうものの、絵を描いているだけで破壊行為をしているわけではない。タケル(西銘駿)はゴーストに変身するが、攻撃はせず話してわからせようとする。画材眼魔と友達になろうとするタケルに、アラン(磯村勇斗)は「目障りだ」とネクロムサンゾウ魂に変身。タケルもゴーストに変身するが、そこへアランに操られるマコト(山本涼介)=ネクロムスペクターが現れた。ゴーストは攻撃を受けながら必死にマコトの目を覚まさせようとするが…。カノン(工藤美桜)が割って入り、なんとか助かったゴーストだが、今度はイゴール(山本浩司)が無駄な絵を描き続ける画材眼魔に怒り心頭。嫌がる画材眼魔を眼魔の世界へ連れ戻そうとする。ゴーストは闘魂ベンケイ魂にチェンジ。イゴールが変身した眼魔スペリオル・マシンガンに立ち向かい、画材眼魔を守る。画材眼魔となら友達になれるかも。もしかするとアランとも…。微かな期待を抱くタケルにベンケイゴーストも「己の信じる道を進め」と声をかける。

画材眼魔(ガンマ)と友達になろうとやさしく語りかけるタケル(西銘駿)。しかし、イゴール(山本浩司)は、絵を描きたいという画材眼魔を不完全なものとして消し去ろうとする。タケルはゴーストに変身、眼魔スペリオル・青竜刀の攻撃から身を呈して画材眼魔を守る。ゴーストはカノン(工藤美桜)と一緒にいたアラン(磯村勇斗)の前に現れると、マコト(山本涼介)を返してもらうと宣言。怒るアランはネクロムスペクターを操り、抵抗できないゴーストを追い詰める。ついにゴーストは変身を解除。ネクロムスペクターは必殺の一撃をタケルめがけて放つ。が、なんと画材眼魔がタケルを庇って凶弾に倒れてしまう。画材眼魔と心を通わせたタケル。カノンとともにネクロムスペクターに訴えかけ、眼魂(アイコン)の力も借りてマコトを取り戻すことに成功する。タケルはマコトともにゴースト、スペクターに変身。力を合わせてネクロムを追い詰める。マコトを取り戻し、画材眼魔とも友になったタケル。しかし、そのころ眼魔世界へ戻ったアランは、長官と呼ばれる人物を出迎えていた。その長官の正体は仙人(竹中直人)…!?