海底王国の守護神・昆虫怪獣メガロ、宇宙怪獣ガイガン、そして人間型の電子ロボットのジェット・ジャガーが登場する「ゴジラ」シリーズ第13作。度重なる核実験で環境を破壊された海底王国・シートピアが、守護神である昆虫怪獣・メガロを出現させ、人類に宣戦布告。メガロを出動させるには電子ロボット・ジェット・ジャガーの誘導が必要で、海底人たちはジェット・ジャガーの生みの親である伊吹吾郎からジェット・ジャガーを奪う。しかし、突然良心回路が作動したジェット・ジャガーは海底人の支配から逃れ、メガロと対峙することに。海底人はガイガンを呼び寄せジェット・ジャガーを追い詰めるが、そこにジェット・ジャガーのために怪獣島からゴジラが駆けつける。