全世界を巻き込んだ第三次世界大戦。その結果、極東の島国「大和」は、超大国「ユナイト」の占領下となる。遺伝子工学の進歩により、人類は、性別を自由に選択できる技術「TRANS（トランス）」を生み出した。これにより、人類は自分の意志により、完全に性別の変更が行えるようになった。しかし、「TRANS」の施術を受けた者のなかには、エラーとも呼べる特殊能力を持つものが現れるようになる。人知を超えた様々な特殊能力。人はその能力を持つ者たちを、「HELI-X」と呼んだ。螺旋機関を抜けたゼロは、「アンモナイトシンドローム」の首謀者であるオシリスと共にHELI-Xが支配する世界を作り上げようとしていた。アンモナイトシンドロームの計画を阻止しようとするクライ、ワカクサの組織「ツインイプシロン」には、サッドネスが現れる。そんな折、カンザキ大佐率いる「螺旋機関」には、とある人物がやってきていた。「国際平和連盟」のセーレとフルカスと名乗る二人は、螺旋機関の指揮権は国際平和連盟が持つことになったと告げる。下した指令は、「アンモナイトシンドローム」「ツインイプシロン」両組織の幹部の抹殺。セーレ、フルカスは驚くべき速さでトップへ上り詰めたエリート軍人ということだったが、その経歴は高度なハッキングにより書き換えられた偽りであることが分かる。彼女たちは、一体何者なのか……。