ドクタケ忍者隊に一人の男が戻ってきた。彼の特異な能力は、忍術学園に対して牙を剥く。一方、雑渡昆奈門は、主君黄昏甚兵衛に忍術学園の取り込みを命じられる。それは、悪夢のような光景だった。六年生の四人が忍術学園を裏切り、ドクタケ勢とタソガレドキ勢に組みして先生を討ち取る。偽物として入れ替わる先生たち。そして、彼らは下級生たちにも刃を向けた。忍術学園を救うべく、敢然と立ち上がった善法寺と食満は、裏切り者の同級生と偽の先生達に戦いを挑む。はたして二人はドクタケとタソガレドキの魔の手から忍術学園を取り戻すことができるのか？