古代メキシコで繁栄を遂げた太陽の民アステカ。彼らには奇妙な「石仮面」が伝わっていた。それは、永遠の命と真の支配者の力をもたらすという奇跡の仮面。だが、ある時を境に歴史から姿を消す。やがて時は過ぎ、19世紀後半。人々の思想と生活が激変していた時代に出会った、ジョナサン・ジョースターとディオ・ブランドー。２人は少年時代から青年時代を共に過ごし、やがて「石仮面」を巡って数奇な運命を辿ることとなる――。