白銀のアドバイスのおかげで柏木とカップルになった男子生徒が、またまた恋愛相談にやってきたものの、以前とは印象がまるで違う。夏休みを終えた彼は、身も心もチャラ男に成り果てていたのだ。相談とは名ばかりのノロケ話を聞かされた白銀と石上は、その自信満々な振る舞いから、すでに彼女と“神聖な行い”をしてしまったのではないかと訝しむ。そこで柏木と二人っきりにして様子を覗き見してみると、恋人同士でムードが高まってきたらしく……。

待望のウィンドウショッピングに出かけたかぐやは、白銀の妹・圭と仲良くなるチャンスを虎視眈々とうかがっていた。一緒にやってきた藤原姉妹に邪魔されながらもようやく圭と隣同士になれたかぐやは、その横顔に白銀の面影を感じてドキドキが止まらない。さらに白銀の誕生日プレゼントに何を贈ればいいのかを探ってみると、「兄とはそんな仲良くないですよ」と不満げな表情に。圭の口から暴露される白銀の知られざるエピソードとは!?

秀知院学園第67期生徒会の活動最終日、4人が生徒会室を片付けていると、思い出の品が次々と見つかった。フランス校との交流会の看板、神経衰弱で使ったイカサマトランプ、NGワードゲームのカード、コスプレ用のネコミミ、生徒から没収した不健全な雑誌、「とっとり鳥の助」の映画チケット……。それぞれの胸に懐かしい記憶がよみがえり、話題は尽きることがない。そして4人は空になった生徒会室を後にする。

生徒会選挙の予測速報ではトップを独走中の白銀だったが、それを追う1年の女子生徒・伊井野ミコのことが気になっていた。選挙運動中のミコと話をしてみると、学年1位の才女だけあって弁が立ち、白銀のライバル心がメラメラと沸き上がっていく。一触即発の空気を感じて仲裁に入る藤原だったが、そんな彼女にミコは予想外の言葉を投げかける。「私が生徒会長になった暁には、藤原先輩が副会長になって頂けませんか!」。

勉学において右に出るものはいないが音楽にはちょっと自信のない白銀は、学園の校歌斉唱を口パクで誤魔化していた。その事実を藤原に見破られてしまったが、もし音痴であることが他の生徒にバレてしまえば完璧な元生徒会長というイメージが崩れてしまう。そこで白銀の運動音痴を直した実績のある藤原が、今度は歌のレッスンに付き合ってあげることに……。ところが白銀の音痴は“ちょっと”どころのレベルではなかった!

ついに生徒会選挙当日を迎えたが、ミコの努力もむなしく、元生徒会長としての手腕を誇る白銀の当選はほぼ確実。さらにかぐやも完璧な応援演説を披露して、ミコ陣営との格の違いを見せ付けた。だが石上の表情はなぜか浮かない。上がり性のミコが演説で上手くしゃべれずに、生徒たちの笑い者になるのが耐えられないからだ。怒りを露わにした石上に対し、白銀は「伊井野ミコを笑わせない勝ち方をすればいいんだな?」と言い壇上へ登っていく……。

「ボクサーパンツを穿いてる奴は全員ヤリチン」という石上の偏見を真に受けたかぐやは、白銀のパンツを確認したくてたまらない。どうすれば自然にパンツを見られるのか策略を巡らせるが、思い浮かぶアイデアはどれもアブナイものばかりだった。もうストレートに聞いてしまおうと、どんなパンツが好きなのかを尋ねるが、白銀はランジェリーの好みを聞かれたものだと勘違い。かぐやに穿いてほしいパンツを想像し始める。

ミコを会計監査に迎えた新生徒会がスタートしたものの、なぜか生徒会室はギスギスとした空気に包まれていた。ルールに厳しいミコは、学園で不健全なことをしている(ように見える)かぐやと白銀や、校則を無視してゲームで遊んでいる石上が許せず、ついついキツく怒ってしまうからだ。「時には優しさも必要」という尊敬する藤原のアドバイスを受けて、「何があっても絶対に怒らない」という訓練をすることになったものの……。

根暗な性格を変えてリア充の仲間入りを果たすため、体育祭の応援団に立候補した石上だったが、団員たちはウェイ系のパリピだらけ。石上の戸惑いをよそに、会議はノリとテンションだけでどんどん進んでいき、男子は女子の制服を着て応援することになってしまった。しかし、陰キャの石上には制服を気軽に貸してくれるような女友だちが思い浮かばない。もう応援団を辞退した方がいいのだろうかと悩んでいたところに、かぐやが現れて……。

勉学において右に出るものはいないがダンスはうまく踊れない白銀は、体育祭に向けて藤原と三度目の猛特訓を繰り広げていた。しかし仏の顔も三度まで。出来の悪い白銀に愛想を尽かした藤原は怒って出て行ってしまう。それでも一人黙々と練習を続ける白銀のもとに、今度はかぐやがやってきてレッスンをすることに。ところが様子を見に戻った藤原との間で、指導方針を巡りバトルが勃発!　はたして上手く教えられるのはどっちなのか?

体育祭もいよいよ中盤戦、応援団のパフォーマンスは大盛況で、石上の心はこれまで味わったことのない充実感に包まれていく。だが中等部のときのクラスメイト・大友京子に話しかけられたことで表情が一変。動揺を隠せない中、怪我をした応援団団長の代わりに、対抗リレーにアンカーとして出場することになってしまう。真っ青な顔のままトラックに立った石上は、かつて自分が学園で起こしたある事件のことを思い出していた。

学園案内のパンフレットのモデルに選ばれた生徒会だが、かぐやは家の方針でメディアに顔を出すことを禁じられていた。屋上での撮影の様子を羨ましげに見つめていると、最後に携帯電話のカメラでプライベートの集合写真を撮ろうという提案が。喜ぶかぐやだったが、その瞬間、突風が吹いて携帯を屋上から落としてしまう。地上でバラバラに壊れた携帯を拾い上げるかぐや。これまで皆と一緒に撮った写真が消えてしまったことを思うと、悲しくてたまらない……。

「かぐや様ダークネスvolume1」プール終わりのシャワー室。水着姿のかぐや・藤原の身に次々と巻き起こるあんなことやこんなこと…!?秀知院学園、とある夏の日の物語。「かぐや様ダークネスvolume2」コインパーキングでエロ本を見つけた石上と白銀。中を覗くとかぐやや藤原、ミコ似のキャラクターが。エロ本に興味をそそられつつも生徒会メンバーの顔がチラつき我に返り帰路についたと思われた二人だったが…!?「かぐや様は食べさせたい」突如幕をあけた生徒会ガチンコチャーハン対決。白銀・かぐや・石上が腕をふるう三者三様のチャーハンに審査員の藤原・ミコが舌鼓を打つ。果たして優勝の座は誰の手に!?