アマゾン。それは未知の生命体。そして全ての始まり。人工生命体を人型に成長させる実験「アマゾンプロジェクト」が大手製薬会社・野座間製薬で秘密裏に行われていた。しかし、二年前研究施設内で事故が起き、約四千の実験体が街に解き放たれた。制御装置である腕輪が人間のタンパク質を好む、いわば人喰いという実験体本来の特性を抑え込んでいたが、その効力も約二年と残された時間はあまりに少なかった。野座間製薬は実験体駆除のエキスパート・駆除班を組織し、その対処に明け暮れていた。その一方で「アマゾンプロジェクト」の責任者・水澤令華のもとに二年前から養子として引き取られた一人の青年・水澤悠がいた。彼も自らの変調に気付きつつあるのであった。そしてアマゾンを狩るアマゾン、鷹山仁も独自に行動を開始していた。その男の目的は以前謎のままである…様々な思惑が錯綜する中、悠と仁の出会いによって物語は大きく動き出すのであった。

アマゾン。それは内なる野性。次々と現れるアマゾンたちに動揺する駆除班。その混乱に乗じ、仁は救助に来た七羽のジープで悠を連れ去る。取り残された駆除班は一旦アジトに戻るもそこに現れたのは令華の秘書・加納省吾。彼は令華が進める「アマゾンプロジェクト」の全容を語り始め…一方、仁は連れ帰った悠に自分たちアマゾンとは何かを明かし、そして全てのアマゾンを狩ることを宣言する。それは同時にアマゾンである悠への警告を意味した。現実を受け止められない悠に、見かねた七羽はベルトを託し…悠の内なる野性は目覚めつつある。

アマゾン。それは狂気と混乱の世界。悠は内に潜む野性に怯え始め、その正体を確かめようと母親・水澤令華の元へ向かう。その頃野座間製薬では、令華を中心とした「アマゾンプロジェクト」に関する役員会議が執り行われていた。会議室へと乱入した悠は令華のもとに詰め寄るが、令華から意外な内容を告げられ…。一方、駆除班は実験体の識別コードをキャッチしたマンションへ駆けつけるが…。

アマゾン。それは生死の駆け引き。大量発生する実験体、そのあまりの多さに悠と駆除班はマンションの一室に籠城を余儀なくされる。頼みの仁も偽の位置情報を掴まされており…。駆除班の絶望的な状況に令華は水面下で進めていたある打開策を提示する。作戦実行の為、マンションへ到着する調査班と共に一同屋上を目指すも…。戦えば戦うほど目覚める悠のアマゾンとしての性、もう戦う事は誰にも止めれない。

アマゾン。それは瞳に映りし闇。マンションでの死闘を終えた悠は令華から自宅に戻るように命令されるが、言われるがまま帰宅する事に躊躇いを覚え、川辺で佇んでいた。そこに駆除班・志藤が現れ…。一方、美月は悠の帰りを自宅で待ち続けていた。しかし、ついに待ち切れなくなり一人で野座間製薬研究所へ行こうと決意し、タクシーに乗り込むのだが…

アマゾン。それは誰しもが闘う理由。美月の危機に駆けつけた悠は実験体との戦闘を開始した。しかし、その戦闘の最中も理性を失っていく悠。ますます自分の事をコントロール出来なくなる悠は同じアマゾンである鷹山仁にその答えを求め、野座間製薬へと向かった。そこで囚われの仁から告げられる彼の過去とは…。

アマゾン。それは悲しき男の運命。廃車置場の近くで凄惨な遺体が発見された。その有様は過去に駆除した実験体の時と共通点があった事から、悠と駆除班は現場へと向かう。しかし、そこで待ち受けていたのは悲しい運命と残酷な真実だった。

アマゾン。それは正義のあり方。実験体でありながら理性を残した百舌アマゾンの駆除に躊躇する悠。そんな生半可な覚悟の悠に仁と志藤は煮え切らない思いを抱く。交錯する主張、そしていま各々の正義が問われる時が来る。

アマゾン。それは生きる為の選択肢。寂れたレストランで人知れずアマゾンたちはひっそりと生きていた。悠はそこに集うアマゾンたちの目的に驚愕し…。その頃仁は橘雄悟に呼び出さていた。仁が向かった先で待ち受けていたのは、予想だにしない人物だった。

アマゾン。それは弱肉強食の世界。仁の前に現れたアマゾンシグマ、その圧倒的な力を前に為す術もなく…。その一方で令華が進めていたアマゾン殲滅を目論む「トラロック」計画。その皆殺し作戦にどうしても納得できない悠は、駆除班の中で孤立してしまう…

アマゾン。それは審判の日。アマゾンシグマによって悠は瀕死の傷を負ってしまう。そうした中、アマゾンという存在を覆しかねない「トラロック」計画を快く思わない橘は行動を開始する。トラロック起動装置を巡る攻防戦、立ちはだかる最悪の敵を前についに悠と仁は共闘をする。

アマゾン。それは失われゆく光。ついに起動されるトラロック。降りしきる雨の中、鬼神の如くアマゾンを狩る鷹山仁。危険を顧みず悠のもとへ向かう美月。そしてその悠は全てのアマゾンに対して同じ気持ちを持てずにいた。混乱の中、マモルの体調に異変が生じ…。

アマゾン。それは全ての終わり。多くのアマゾンがこの街から消えた。しかし一部の地域で生き残りがいる事が報告される。一度は解散した駆除班であったが、悠とマモルの生存に一縷の望みをかけて再結集する。そして、そこで目にした光景とは…。仮面ライダー史上衝撃のラストが待ち受ける。