平成モスラシリーズの第2作。沖縄・石垣島で、眠っていた怪獣ダガーラが目を覚ました。海中から攻撃するダガーラに、海に入れないモスラは苦戦するが、復活した幻の王国"ニライカナイ"の生物・ゴーゴの導きにより、秘宝の力で水中モード変身、モスラの反撃が始まる・・・。今注目の女優・満島ひかりが美少女役を演じる。