近未来。荒廃した関東地区。府中Dブロックにある、聖チャペル女学園。選ばれた女子生徒にしか入学できないお嬢様学校だった。その特別科に転校してきた、如月ハニー。ある日、学園が謎の怪人に襲われる。するとクラスメートが、突如変身し「新世代ハニー」となり怪人と戦い始めた…！驚くハニー。その時、ハニーの耳に亡き母親の声が聞こえる。「あなたはキューティーハニー なのよ」思わず叫ぶ。「ハニーフラッシュ！」ハニーはキューティーハニーへと変身し、怪人を倒し、意識を失ってしまう…。目覚めたハニーの前に姿を見せたのは、パンサークロー対策本部の早見蒼だった…。早見が語った真実とは…？聖チャペル女学園の本当の姿は…？ハニーはなぜ記憶をリセットされたのか…？「新世代ハニー」の能力とは…？謎のハニー、「ブラックハニー」とは…？アニメ、漫画、映画、様々なメディアで語られたキューティーハニーが、遂に舞台化。