料理が大好きなネズミのレミーは、一流レストランのシェフになることを夢見ていた。ある日、姿を家の主人に見つけられ、一族は巣を追われることに。レミーは家族とはぐれてしまい、ひとりぼっちでパリの一軒のレストランにたどり着く。そこはレミーが尊敬するフレンチ料理人、グストーのレストランだった!そのキッチンでは、見習いシェフのリングイニがヘマをして、スープを台無しにしてしまう。湧き上がる情熱を抑えきれずキッチンに足を踏み入れたレミーは、夢中になってスープを作り直すが、それをリングイニに目撃されてしまった。料理の才能が無いことを悩んでいたリングイニは、この小さな天才シェフが人間の言葉を理解してると知り、とんでもないアイデアを思いつく。「二人で、パリ一番のシェフを目指すんだ!」 シェフを夢見るネズミと、料理が苦手な見習いシェフ―その出会いはやがて、フランス料理界をも揺るがす"大事件"を巻き起こすのだった…。