町全体が学校施設となっている学園都市・麻帆良学園。その学園の中等部2年に進級した少女・神楽坂明日菜は、新学期初日の朝も早よから憧れの高畑先生が担任になってくれるようにと恋のおまじないをしていた。ところが、担任教師として明日菜のクラスである2-Aに現れたのは、何とガキんちょだった…!?

担任であるお子ちゃま先生・ネギが超常現象を起こす場面を見てしまった明日菜。実は、ネギは修行のために学園へ赴任してきた見習い魔法使いだったのだ。魔法で明日菜の記憶を消そうとするが、間違えてパンツを消してしまうネギ。そんな失敗続きのネギだが、学園長の言いつけで明日菜たちの部屋に同居することになり…。

女子寮での生活が始まったネギだったが、クシャミしたはずみで制服を消してしまったりしたために明日菜の心証は悪くなる一方だった。その反面、男性恐怖症である2-Aの生徒・宮崎のどかは、ネギに不思議とホッとする気持ちを抱いていた。そんな中、ネギは高畑のことが好きな明日菜のためにホレ薬を調合するが…。

居残り授業を受けることになった2-Aのバカ5人衆(通称・バカレンジャー)。他の4人が退場していく中、最後まで残っているのを高畑に見られた明日菜は、頭が悪いと思われた!と大ショックを受けてしまう。その後、ネギの説得にようやく耳を貸した明日菜は、ネギも自分と同じく両親がいないことを知って…。

魔法使いのネギにはパートナーが要るんじゃないかという話に尾ひれがつき、「ネギは結婚相手を探すため日本へきた」ということになってしまった。そんな話題で騒いでいる麻帆良学園に、「パートナー探しを手伝いにきた」と言うオコジョ精霊・カモが現れる。そして、ネギを憎からず思っているのどかに目をつけたカモは…。

2-Aの生徒・佐々木まき絵が桜通りで行き倒れている所を発見された。眠るまき絵から微かな魔力を感じたネギは、未知の魔法使いが学園内にいるかもしれないと不安を覚える。その不安は的中し、今度はのどかが襲われてしまう。そこに駆けつけたネギが出会ったのは、2-Aの生徒・エヴァンジェリン(エヴァ)だった…。

エヴァの狙いが自分だと知って生徒たちに迷惑をかけまいと学園を飛び出したネギは、山奥でキャンプをしていた2-Aの生徒・長瀬楓に出会った。一方、明日菜とカモは学園の寮でネギの行方を探していた。その中でカモは、エヴァと茶々丸のコンビに勝つためには明日菜がパートナーになってくれればいいと言うが…。

麻帆良学園に張り巡らされた電気の結界を解けば魔力が復活することを知ったエヴァは、学園を停電させて本来の姿と力を取り戻した。僕となったまき絵を利用してネギを誘い出し、今度こそ生き血を吸い尽くさんとネギに迫るエヴァ。そこへ駆けつけた明日菜は、魔法障壁をものともせずにエヴァへケリを入れて…。

校長から龍宮神社への手紙を預かったものの、あまりに広い学園の敷地内で迷子になってしまったネギ。そんなネギの道案内を2-Aの生徒・鳴滝風香と鳴滝史伽が買って出るが、イタズラっ子の2人はなかなか目的地に向おうとしなかった。そこでネギはプリンで機嫌を取って、2人に神社へ案内させることに成功するが…。

昼休み、バレーボールの場所取りがキッカケで、2-Aの生徒たちと高等部の女子たちの間にトラブルが発生してしまった。高畑がその場を収めたものの、自習時間にまたまた争いが再燃してしまう。そのケンカを止めさせようとするネギだったが、どこでどう間違ったのか、2-A対高等部のドッジボール対決が始まって…。

教室では目立たぬ少女だが、家に帰ればネットアイドル「ちう」として日夜コスプレに励んでいた2-Aの生徒・長谷川千雨。一方、新品のパソコンが導入された2-Aでは、クラスのHPを作ろう!と盛り上がっていた。そして、みんなが作ったHPは意外に大好評で、ちうと熾烈なアクセス合戦を繰り広げることに…?

「1学期の期末試験でクラスの平均点が学年最下位だったら教師失格」と学園長から言われたネギ。そうなると魔法使い修行も失格になるネギは、魔力を封印して自分の力でみんなの学力を上げようと決意する。だが、テストまで後3日となったある日、読むだけで頭がよくなる魔法の本の言い伝えを聞いた明日菜たちは…。

魔法の本を探しに行って図書館島に閉じ込められたネギたちは、ネギの魔力が復活するまでの3日間、地下で無駄な時間を過ごしてしまうことになった。一方、地上に残された生徒たちはネギを信じ、力を合わせて試験勉強に励んでいた。そして運命の試験日、ネギたちは遅刻しつつも何とか期末試験に間に合うが…。

ネギの魔法薬を飲んだ2-Aの生徒・近衛木乃香は、寝ぼけて部屋の目覚まし時計を壊してしまった。そのせいで明日菜が寝坊してバイトに遅刻しかけたため、木乃香はネギと共に目覚まし時計を買いに行く。だが仲睦まじげに歩く2人を見つけた2-Aの生徒・柿崎美砂たちは、先生と生徒の禁じられたデート?と勘違いして…。

実家に里帰りした2-Aの生徒・雪広あやかは、ネギの来訪を聞いて気分が晴れ晴れとしていた。だが、ネギについてきた明日菜たちが豪勢な屋敷や庭園などに大騒ぎしたため、あやかはかんしゃくを爆発させてしまう。そして、毎度お馴染みのケンカとなるあやかと明日菜。そこには、小学生時代から続く2人の絆があった…。

学園にある旧校舎を使った肝試し大会に誘われたネギ。しかし、それは2人づつ5組に分かれ、ネギの唇を奪ったチームの勝ちという2-Aの生徒・朝倉和美たちが仕組んだ大会だった。そうとは知らず、ビクビクしながら暗闇を進んでいたネギだったが、灯りの魔法に失敗して5体の分身ネギを出現させてしまい…。

2-Aの生徒・綾瀬夕映は、肝試し以来ネギを意識するようになっていた。だが、気持ちを切り換えて親友であるのどかを応援することにした夕映は、これでネギをデートに誘いなさいと遊園地のチケットをのどかに渡す。そんな時、偶然ネギもチケットを手に入れたため、のどかとネギは一緒に遊園地へ行くことになるが…。

「わたし、ネギ先生のこと大好きでした!」とのどかから告白され、ネギは教師としてどういう態度を取るべきか悩んでいた。一方、のどかも勢いづいて告白してしまったものの、気恥ずかしくてネギの顔も見られない状態だった。そんなのどかに触発された明日菜は、高畑に誕生日プレゼントを渡そうとケーキ作りに挑戦して…。

2-Aの生徒・相坂さよの正体は、60年ほど前に死んでしまった幽霊だった。もうすぐ修学旅行ということで2-Aの生徒たちが盛り上がっていた中、学園から動けない地縛霊のさよは寂しさを感じていた。ところが、報道部の和美が相坂さよという名簿に載っているが姿を見せない謎の生徒の存在に気づいて…。

修学旅行で京都へとやってきた2-Aの一行。無邪気にはしゃぐ生徒たちの傍ら、ネギは関西呪術協会の急進派である封眼寺派への警戒を怠らなかった。そんな中、カモが不審な動きを見せる2-Aの生徒・桜咲刹那を敵の手先では?と警戒するため、刹那と対峙したネギは彼女が影ながら木乃香を守っていたことを知るが…。

封眼寺派の狙いは、木乃香が秘めた強力な魔力だった。ひとまず木乃香を実家である関西呪術協会の総本山に預けることにするネギたち。だが、封眼寺派の雇われ魔術師・フェイトによって総本山の結界が破られ、木乃香はさらわれてしまう。彼女を助けようとするネギたちの前に、2-Aの生徒・古菲、龍宮真名、楓が現れて…。

色々あった修学旅行も無事終了し、魔法使いとしての未熟さを思い知ったネギは、エヴァに弟子入りを申し出た。一方、修学旅行の間、バイトをヘルプして貰っていた明日菜は、世話になった分を取り返そうと仕事に励む。さらに風邪気味なのにも拘らず明るく振舞う明日菜は、街で高畑を見かけアタックしようと決心するが…。

近頃、様子のおかしい明日菜を心配したネギは、カレンダーの10月22日につけられた○印に目を留めた。明日菜は身寄りがないため、誕生日を祝ってくれる人がいなくて寂しいに違いないと推察して密かにパーティーの準備を進めるネギと2-Aのクラスメイトたち。それが、明日菜と過ごす最後の夕べになるとは知らずに…。

誕生日を迎えると同時に倒れた明日菜は、2度と目を覚まさなかった。学校葬の後もクラスに空虚感が漂っていたが、文化祭の出し物を決めよう!と明るく振舞うネギに引っぱられ、2-Aは活気を取り戻す。そして文化祭でのミュージカル上演に向け動き始めた一同だが、ネギの明日菜への想いはふとしたはずみで溢れ出して…。

明日菜のことで自分を責めるあまり、教育者としての能力を失っていると判断されたネギは、魔法使い修行を打ち切り故郷へ帰されることになってしまった。呆然と雨に打たれるネギの前に現れた2-Aの生徒・葉加瀬聡美と超鈴音は、彼に魔法力を利用したタイムマシンを使えば明日菜を救えると持ちかけるが…。

魔法力を利用したタイムマシンで過去に溯り、明日菜の魂を奪ったのが悪魔と交わしたマジックキャンセルの契約だと知ったネギたち。彼らは幼い明日菜を守るために魔将軍率いる軍勢と戦うが、旗色が悪かった。だが、のどかを皮切りに2-Aの生徒たちが次々とパクテイオーの儀式であるネギとのキスを交わしていき…。