強靭な意志を持ち、剣の達人である忍者、カムイ（松山ケンイチ）は、理不尽な殺戮もいとわない、掟に縛られた世界に嫌気がさし、真の自由を求め、忍の世界を抜け出す。しかしそれは裏切り者として、追っ手と戦う運命を背負うことでもあった。かつての仲間、大頭（イーキン・チェン）やミクモ（芦名星）らに執拗に追われながらも、生きるための逃亡の旅は続いた。ある日、半兵衛（小林薫）という漁師を助けたことからその家族に迎え入れられるカムイ。しかし、半兵衛の妻はかつての仲間で、抜忍となった”くノ一”のスガル（小雪）であった。カムイを追っ手と信じて疑わないスガルは、まったく心をゆるさない。その一方で密かにカムイに恋心を募らせていく半兵衛の娘サヤカ（大後寿々花）。そんな時、吉人（金井勇太）の密告により、半兵衛が時の藩主・水谷軍兵衛（佐藤浩市）に捕らわれてしまう。カムイとスガルはまずは半兵衛を救出するため、共に処理場へと向かい奇襲をかけることに。思わぬ展開を楽しむアユ（土屋アンナ）や絵師の不気味な笑いがこだまする中、あわやのところで半兵衛を助け出すことに成功する。