三門市。人口28万人。ある日この町に異世界への門が開いた。「近界民(ネイバー)」後にそう呼ばれる異次元からの侵略者が門付近の地域を蹂躙、街は恐怖に包まれた。近界民に地球上の兵器は効果が薄く、都市の壊滅は時間の問題と思われた。しかし、その時突如現れた謎の一団が近界民を撃退。近界民の技術を独自に研究し、「こちら側」の世界を守るため戦う組織、界境防衛機関「ボーダー」。彼らはわずかな期間で巨大な基地を作り上げ、近界民に対する防衛体制を整えた。それから4年。門は依然として開いているにも拘わらず、三門市を出て行く人間は驚くほど少ない。中学生の三雲修もまた、ボーダーに所属していた。ある日、修のクラスに転校生がやってきた。空閑遊真と名乗った少年は、何故かボーダーの人間にのみ携帯を許される「トリガー」と呼ばれる武器を持っていた。修に問いただされた遊真は言う。『俺は門の向こうの世界から来た。お前らが言うとこの「近界民」ってやつだ』遊真と修、二人の物語が動き始める。