世界のカードゲーム人口は数億人を超え、人々の生活の一部として当たり前のようになっていた。『カードファイト!!ヴァンガード』世界で最も注目を集めているこのカードゲームを通じて、二人のカードファイター「先導アイチ」と「櫂トシキ」は、世界を救う先導者になった。それから数年後―。幼い頃に両親を亡くし、自身の力のみで生きていこうとする主人公「新導クロノ」フェンシングの英才教育を受けて育った、クラスの人気者の爽やかイケメン「綺場シオン」容姿端麗・成績優秀な江戸っ子女子「安城トコハ」3人の主人公を中心に、新たな物語が動き出す。誰も見たことのない新クラン「ギアクロニクル」この幻のデッキをクロノが手にしたことから、それまで交わることのなかった3人の運命が絡みだす!ありえた未来、ありえた自分を意味する「ジェネレーション」彼ら3人の未来を待ち受けるものは果たして・・・!?