2005年4月、老漁師の神尾は内田と名乗る女性に乞われ、戦艦大和が沈んだ場所まで船を出すことに。まっすぐに前方の海を見据える神尾の胸に、鮮やかに、そして切々と60年前の光景が甦っていく……。昭和１６年１２月８日、日本軍の真珠湾奇襲によって始まった太平洋戦争は、ミッドウェイ海戦でアメリカ軍に大敗を喫して以降、形勢が逆転。連合艦隊司令長官・山本五十六大将の戦死、太平洋各地の島々の守備隊は玉砕するなど、日本軍は劣勢を強いられていく。そんな昭和１９年の春、神尾ら特別年少兵たちが戦艦大和に乗艦してきた。大和に憧れ、日本の希望の象徴とする若者たちは、烹炊所班長の森脇や機銃射手の内田に助けられながら、艦内での厳しい訓練に耐えぬく。しかし初の実戦となったレイテ沖海戦で、連合艦隊は事実上壊滅、厳しい行く末にたじろぎ苦しむ、二十歳にも満たない若者たち。そして運命の昭和20年4月。最後の上陸を許され、それぞれに、母に、妻に、恋人に、家族に、別れを告げる。「死なないで」悲痛な女たちの祈りを胸に、再び大和に乗り込む3300余名の男たち。苦渋の決断をした伊藤司令長官の指揮の下、「大切なもの」を守る為に、大和と共に、アメリカ軍艦載機との壮絶な戦いが待ち受ける「決戦の海」へと向かった……