度重なる試練を乗り越え、新西暦を迎えた人類。だが、地球には新たなる危機が迫っていた…。時は新西暦186年、リュウセイ・ダテは、アーケードゲームの大会に出場するが、そこで謎の機動兵器と遭遇。そして、絶体絶命となる彼の前に、地球連邦軍のパーソナルトルーパーであるゲシュペンストMk-IIが現れて…。

量産型ゲシュペンストMk-IIタイプTTに乗り込み、謎の機動兵器を撃退したリュウセイ。彼は連邦軍のイングラム少佐から、敵の正体が語られ、軍への入隊を勧められる。「地球圏は今、彼らの脅威にさらされている…」地球に異星人の侵略の魔の手が伸びていることを知ったリュウセイは、ある決意を胸に宿して…。

軍に入隊したリュウセイには仲間との出会いが待っていた。リーダーで紅一点のアヤ・コバヤシ、クールなエースパイロットのライディース・F・ブランシュタイン。だが、浮き足立つリュウセイに戦車隊のハルマ・キド中尉が非情な現実を突きつける。「今のままで戦場に出たら、必ず死ぬぞ。それも仲間を巻き込んでな…」

ハルマ小隊との敗北から立ち直れないリュウセイに、再び模擬戦闘の機会が訪れた。だがその最中、ハルマ小隊が所属不明の飛行機動兵器に襲撃されたとの報が入る。窮地に立つハルマ小隊を救うべく、リュウセイ達ははじめてのチーム戦闘を敢行する!! 「この賭け、吉と出るか凶と出るか…」

謎の飛行機動兵器の襲撃後、"SRXチーム"に任命されたリュウセイ達は、新型PT「Rシリーズ」の存在を知る。そんなリュウセイ達に南極で行われる新型機動兵器「グランゾン」のお披露目式典の警護命令が下された。だがそこでは、恐るべき陰謀が始まろうとしていた。 「一体、今から何が始まるってんだ…!?」

EOTI機関の新型機「グランゾン」のお披露目式典は、異星人と地球連邦政府による会談の隠れ蓑だった。だが会談が始まろうとしたその時、突如「グランゾン」が異星人の母艦を攻撃。異星人は機動兵器を出撃させてSRXチーム、そしてATXチームに襲いかかる! 「この一撃が新たなる戦いの幕開けとなるのです…」

ビアン・ゾルダーク率いるEOTI機関は、DC(ディバイン・クルセイダーズ)を名乗り、地球連邦政府に反旗を翻した。「もはや人類は逃げ場を失った。我々に必要なものは方舟ではなく剣なのだ!!」その頃、キョウスケらATXチームとヒリュウ改は、DCに呼応して決起したコロニー統合軍による砲火の渦中にあり…。

DCとコロニー統合軍の決起により、世界は戦火に包まれた。DCの攻撃から基地と多くの人々を守れずに落胆するリュウセイ。だが、彼は新たな力となる「R-1」との邂逅を果たす。一方、連邦軍伊豆基地司令のレイカーとダイテツ中佐は、戦況を打開すべく、ある賭けに出ようとしていて…。

戦闘母艦「ハガネ」の発進準備が進む中、リュウセイは看護兵として軍に入隊したクスハと再会を果たした。だが、エルザム率いるDCのアーマードモジュール部隊がハガネを奪取するため、伊豆基地を襲撃する。それに対して、リュウセイ達はハガネが発進するまでの時間を稼ぐために出撃するが…。

DCの本拠地であるアイドネウス島を目指すハガネ。そんな中、SRXチームに下された命令は、ウェーク島基地の制圧だった。調整中のR‐1に代わり、「ビルトラプター」で出撃するリュウセイ。だが、彼は敵の新型アーマードモジュールに苦戦を強いられてしまう。そこに南極で彼を救った白い機動兵器が現れて…。

謎の人型機動兵器サイバスターのパイロットである日本人のマサキ・アンドー。シュウ・シラカワと関わり合いを持つDC総帥のビアン・ゾルダークがいる場所を突き止めることが彼の目的であった。サイバスターの戦闘能力に着目したイングラムは、お互いの目的のために行動を共にするようマサキに提案して…。

ハガネ艦内でT‐LINKシステム(念動力感知増幅装置)とのリンクを行っている最中に、アヤが倒れてしまった。そこにDCのトーマス・プラット率いるアーマードモジュール部隊が攻撃を仕かけてくる。その中には、対戦型ロボットアクションゲーム「バーニングPT」のプレイヤーだったリョウト・ヒカワがいて…。

ハガネへ向かっていた連邦軍の輸送機が、トーマスやテンザン達のアーマードモジュール部隊の襲撃を受けた。輸送機を救助するため、出撃するハガネのパーソナルトルーパー部隊。その戦いの中、リュウセイとテンザンはついに互いの存在を認識する。テンザンに圧倒され、窮地に陥るリュウセイ。果たして、勝負の行方は…?

オペレーション・ムルロアの成功により、制宙権を掌握したコロニー統合軍。その総司令官であるマイヤー・V・ブランシュタインは、艦隊を率いて連邦政府の中枢であるジュネーブへの降下作戦を敢行する。それに立ち向かうのはハガネとヒリュウ改。果たして、たった二隻でマイヤーの艦隊を打ち破ることが出来るのか…?

DCの本拠地であるアイドネウス島に対し、ハガネは超高空から攻撃を仕かけることにした。その際に使用する艦首トロニウム・バスターキャノン発射までの時間を稼ごうとするリュウセイ達。そこへテンペスト率いるアーマードモジュール隊が現れる。果たして、リュウセイ達はハガネを守りきることが出来るのか?

リュウセイ達はアイドネウス島へ降下し、テンペスト率いるアーマードモジュール隊と激戦を繰り広げていた。ダイテツの策により、優勢に立ったかと思われたリュウセイ達。だが、そこへDC総帥であるビアンが駆る大型機動兵器「ヴァルシオン」が現れて…。

アイドネウス島での決戦後、ハガネはDC残党の討伐任務についていた。そんな中、特別自治区のリクセント公国がDC残党の襲撃を受けていることが判明し、リュウセイ達はリクセント公国へと急行して…。

L5宙域で発生した異常現象は、数年前の隕石メテオ3出現時のものと酷似していた。地球連邦軍宇宙艦隊は警戒態勢に入り、ハガネとヒリュウ改もL5宙域付近へと派遣される。そんな彼らの前に、一機の人型機動兵器が現れて…。

ビアン博士が示唆した脅威が現実のものとなった。そして、L5宙域には異星人エアロゲイターの巨大要塞が出現し、連邦軍基地がバグスと呼ばれる小型機動兵器群の襲撃を受ける。そのバグスとの戦いの中で、リュウセイ達が見たものは…。

アードラー率いるDC残党は、エアロゲイター襲撃による混乱を利用し、地球連邦政府の中枢であるジュネーブの制圧に乗り出した。その進撃を阻止するために連邦軍が戦線を展開した南欧へと向かうリュウセイ達。だが、そんな彼らの前に二機のヴァルシオンが現れて…。

エアロゲイターの攻撃により、地球圏はさらなる混乱に陥った。そんな中、連邦軍統合参謀本部のノーマン・スレイは敵の本拠地ホワイトスターの強襲作戦「オペレーションSRW」を立案。一方、クスハがグルンガスト弐式のパイロットに選ばれたことを知り、驚くリュウセイ達。そして、彼はイングラムの意図に疑問を抱き…。

ロールアウトした新型機のテストを行うため、中国地区の演習場を目指すハガネ。だが、北京郊外にエアロゲイターの大部隊が現れ、ハガネはその迎撃に向かう。圧倒的な戦力差を見せつけられ、苦戦するハガネのパーソナルトルーパー隊。戦局を打開するため、イングラムはリュウセイ、ライ、アヤにある命令を下す…。

連邦軍によるホワイトスター強襲作戦、「オペレーションSRW」の決行が間近に迫った。エアロゲイターとの戦いに終止符を打つため、L5宙域へ結集する連邦軍宇宙艦隊。ハガネとヒリュウ改も宇宙へ上がり、戦列に加わる。そして…。

エアロゲイターとの決戦の火蓋が切って落とされた。宇宙要塞ホワイトスターへと突撃するハガネとヒリュウ改だったが、圧倒的な数の敵機に押されて苦戦する。一方、後方にいた連邦軍宇宙艦隊は、ホワイトスターへ向けてH‐MAPW群を発射するが…。

エアロゲイターの猛攻によって、絶体絶命の危機に陥る地球連邦軍宇宙艦隊。絶望が戦場を支配し、ハガネやヒリュウ改はさらなる窮地に立たされる。果たして、彼らの運命は? そして、地球圏と人類の存亡をかけた戦いの行方は…?

辛くもホワイトスターの脅威を退けた戦士達。だが、それをシュウ・シラカワは冷たい瞳で見つめていた…。多くの謎を残しつつも、戦いは一応の決着を迎えた。そして伊豆基地では祝勝会と火星へ向かうヒリュウ改を見送る壮行会を兼ねたパーティが開かれることになる。そこでレフィーナはエクセレンの口車に乗ってしまい…。