「火の国」にある「木ノ葉隠れの里」は、忍者たちが住む隠れ里と呼ばれる場所。忍者学校(アカデミー)の落ちこぼれ・うずまきナルトは、今日もイタズラばかり。そして、またしても卒業試験に落第してしまう。そんなある日、初代火影が残した「封印の書」が盗まれるという事件が発生した。その犯人はナルトだったが……。

なんとか忍者学校を卒業することのできたナルトは忍者登録書を提出しに行ったとき、三代目火影の孫・木ノ葉丸と出会う。木ノ葉丸のことを「火影の孫」として特別扱いしなかったナルトを木ノ葉丸はすぐに「親分」と呼びはじめ、勝手に後をついてまわるようになる。木ノ葉丸は、今すぐにでも火影になってみんなに認められたいと考えていたが……。

まだ見習いだが、「下忍(げにん)」として晴れて忍者となったナルトは、「三人一組(スリーマンセル)」の班を組むことに。ナルトと同じ班になったのは、春野サクラとうちはサスケ。ナルトはサクラにゾッコンだったが、肝心のサクラはサスケに夢中だ。しかもサスケはナルトとちがい、見た目だけでなく実力もピカイチのエリート。おもしろくないナルトは、サスケにひとあわふかせようと、ある陰謀を企む。

ナルトたちを指導する担当上忍(じょうにん)・はたけカカシがやって来た。どこかのん気なカカシは、最初の日から大遅刻をし、しかもナルトが仕掛けたイタズラに簡単にひっかかってしまうほどのトロくささ。ところがそのカカシが、いきなり厳しい試練をナルトたちに言いわたした。それは、三人のうち一人しか合格できないといわれている「サバイバル演習」だった。

カカシによって与えられた試練に苦戦するナルトたち。上忍であるカカシの真の実力の前に、天と地ほどの差を感じ、なす術がない三人。このままでは全員アカデミーに逆もどりになってしまう。焦り始めるナルトたちだったが、実はカカシはこの試練の中で、ある重要なことを三人に教えようとしていた……。

本格的に忍者の任務を受け持つことになったナルトたち。しかしその任務はといえば、迷子のネコを探すなど退屈な仕事ばかりだった。次第に不満がたまるナルトは、ついに三代目火影に猛抗議。ヘソを曲げたナルトに少々困惑気味の火影だが、ナルトのやる気を感じとり、より難易度の高い任務を与えることにする。 それは、「タズナ」という人物を祖国の「波の国」まで護衛する任務で……。

波の国にたどり着いたナルトたちは、この国が「ガトー」という悪徳商人に支配されていることを知る。そんな中で現れた刺客「桃地再不斬(ももちざぶざ)」。思わぬ強敵出現に興奮するナルトだが、そんなナルトにカカシは、「とうていお前のかなう相手ではない」と告げる。いつもと様子のちがうカカシに、ナルトたちはただならぬものを感じ……。

再不斬の「水牢(すいろう)の術」に閉じこめられてしまったカカシ。もはやタズナを守るのはナルトたち三人のみになってしまった。しかもナルトとサスケの攻撃もまったく通用しない。圧倒的な力の差にがく然とするナルトだが、「二度と逃げない」という左手の誓いを思い出し踏みとどまる。そんなナルトの脳裏に起死回生の作戦が閃く!

ナルトの機転により、水牢が破られ自由になったカカシがふたたび再不斬に立ち向かう。「写輪眼(しゃりんがん)」によって再不斬の術「水遁大瀑布(すいとんだいばくふ)」を一瞬にしてコピーし、再不斬に叩きつけた。ひん死の重傷を負った再不斬にカカシがトドメを刺そうとしたその時、どこからともなく飛んできた千本(せんぼん)が再不斬をつらぬいた……。

ようやくタズナの家に着いたナルトたち。再不斬を倒した安心感からナルトたちには余裕ができていたが、カカシにはひとつの疑問があった。本来の追い忍ならば抹殺した相手をその場であとかたもなく消去するはずなのに、なぜあの仮面の少年は再不斬の遺体を持ち帰ったのか? そして、みちびき出された答えは……。

タズナと街に出かけたサクラは、海運を牛耳るガトーにこの国が支配されていることを知る。だからこそタズナは海をこえる橋を建設することに命を懸けているのだ。一方ナルトとサスケは、チャクラを使った木登りの修業に励んでいた。ボロボロになって帰ってきたふたりに、タズナの孫・イナリの態度は冷ややかで……。

チャクラコントロールの修業を続けるナルトは、謎の少年と出会う。「大切なものを守るためにはどこまでも強くなれる」と語る少年。それは、ナルトが抱いていたものと同じ気持ちだった。どこかで共感しあうふたり。だがそれ以上のことは語らず、少年はどこかへ消えていった。少年は何者なのか? ナルトに近づいた理由は?

完成間近の橋に向かうタズナの護衛をしていたカカシ、サスケ、サクラの前に、再不斬と先日の仮面の少年・白(ハク)が再び現れた。サスケと白の戦闘が始まる。その頃、ガトーの部下がタズナの家を襲撃。連れ去られる母親を前に、ただ怯えるだけのイナリだったがナルトの言葉を思い出し、勇気を振り絞って立ち向かう!

白の「魔鏡氷晶(まきょうひょうしょう)」により、ピンチに陥ったサスケ。そこにナルトが飛びこんできた。しかし、魔鏡氷晶を内と外から崩そうと考えていたサスケの作戦はナルトの行動で台無しになってしまう。白はナルトとサスケに、「大切な人のためにあなたたちを殺します」と告げる。

カカシは知っていた。「忍」に最も必要な「実戦」の経験がない今のナルトたちでは再不斬とともに何度も死線を越えてきた白を倒せないと……。あまり時間をかけられないと悟ったカカシは、再不斬を倒すためにふたたび写輪眼を使う決意を固める。しかし再不斬は、「写輪眼はすでに通用しない」と言い放つ。

白の猛攻を受け続けるナルトとサスケ。しかしサスケは、この戦いの中で、自分自身が秘めた血継限界・写輪眼の能力に目覚めつつあった。それに気づいた白は、このまま長期戦になればサスケの方が有利になると判断し、一気に勝負に出る!だが白の狙いはサスケではなく、動けないナルトに向けられ……。

サスケを傷つけられた怒りが、ナルトに封印された「九尾の妖狐」の力を呼び覚ました。その圧倒的な力の前に敗北を悟った白は、「ボクを殺してください」と告げる。再不斬の最強の道具であることが存在理由だった白は、自分にはもう価値がないのだと考えていた。白の純粋な気持ちに、ナルトは白にトドメを刺せず苦しむ。

白は戸惑うナルトにトドメを刺すよう言う。だが、戦うこと、勝つことだけが自分の存在理由だという白の言葉がナルトにはどうしても納得できない。同じころ、再不斬とカカシの戦いにも終止符が打たれようとしていた。勝利を確信したカカシの最強の術「雷切(らいきり)」が唸りをあげて再不斬に襲いかかるが……。

白の死に何も感じていないように見える再不斬だったが実はそうではなかった。言葉とは裏腹に、再不斬は白を誰よりも大切に思っていたのだ。白を失った再不斬の悲しみは大きく、この非情さこそが忍の宿命であることをナルトは知る。再不斬は、用無しとなった自分を消そうとするガトーとその手下たちに、単身立ち向かい……。

波の国から帰還し、次の任務に気合十分のナルトだったが、待っていたのはまたしても平凡な任務ばかりで肩を落とす。そんな時、木ノ葉隠れの里に他里の忍が続々と集まってきていることを知る。彼らは各里を代表して送り込まれた下忍で、今回木ノ葉で行われる「中忍選抜試験」、通称「中忍試験」の受験生たちであった。

木ノ葉からも中忍試験に受験生を送ることになった。その中にはナルトたちも含まれている。だが彼らの参加にイルカは強く反対。まだナルトたちは若すぎ、経験、実力ともに未熟すぎるというのだ。「未熟なままナルトたちの可能性をつぶしてしまうつもりなのか?」とイルカは推薦人のカカシを問い詰めるが……。

試験会場に現れた、オカッパ頭にゲジゲジまゆ毛の少年・ロック・リーが、サスケに勝負を挑んできた。その挑戦を受けて立つサスケだが、目にもとまらぬ早さで次々とワザをしかけるリーに、防戦一方に追いこまれる。リーがどんな術を使っているのか確かめようとするサスケ。しかしなぜか写輪眼でも見極めることができず……。

中忍試験の申し込みに向かうナルトたち三人は「薬師(やくし)カブト」と出会う。彼はこれまで何度も中忍試験を受けており、不合格続きではあるものの、そのおかげで受験生たちのデータを大量に持っているという。カブトの情報を見せてもらったナルトたちは、この試験にのぞむ者たちが皆かなりの実力者であることを知る。

第一試験のペーパーテストにのぞむナルトたち。試験官の森乃イビキから試験のルールが伝えられた。「問題は10問。全問正解ならば10点で、ひとつ間違えるごとに1点ずつ減点される。合格か不合格かはチーム三人の合計点で決まるが、全問不正解の者がいたらチーム全員が不合格になる」という。そして試験が開始され……。

第一試験は、受験生たちの「情報収集能力」を調べるために行われていた。難問ぞろいのテストを前に、忍者らしく、いかに試験官たちにバレないようにカンニングするかを試すものだったのだ。そしていよいよ最大の難問である第10問目。この問題を解く前に、イビキから過酷にして理不尽なルールがつきつけられる。

三代目火影の孫である木ノ葉丸が、中忍試験の会場にあらわれた。忍者学校の学級新聞で中忍試験の特集記事をまかされて、モエギ、ウドンとともに取材にやってきたのだ。ナルトを兄貴と慕う木ノ葉丸たちが、ナルトたちへのインタビューを通してこれまでの活躍を紹介する。

中忍試験・第二試験の会場「死の森」へ集まった受験者一同。試験官のみたらしアンコから発表された試験内容は、巻物を奪い合いながらゴールを目指すサバイバルゲームだった!!真剣勝負となる巻物争奪戦の中では死者も出る可能性があるという。アンコは受験生たちに「死ぬな!」と一言だけアドバイスをする。

第二試験開始早々、ナルトに変化した雨忍(あめにん)がサスケとサクラを襲撃。サスケの冷静な判断で敵を追い返すことに成功するが、安堵する間もなく不気味な影が二人に忍び寄る。今度の敵はさきほどとは様子がちがう。凶悪な殺意をむき出しにして迫るその目に、サスケとサクラは今まで感じたことのない恐怖を感じる。

サスケとサクラを襲った草忍(くさにん)の実力は圧倒的だった。あまりの力の差に死の恐怖を抱くサスケ。そこへ本物のナルトが戻ってきた。だが、三人そろったところで戦力は変わらない。サスケは巻物を敵に渡してその場をやり過ごそうと考えるが、そんなサスケに今度はナルトが喝を入れる。

必死に草忍と戦うナルトの姿とサクラの叫びがサスケを突き動かした! 力尽きたナルトに代わり敵に立ち向かったサスケは、写輪眼と火遁(かとん)の術をフルに使い相手を追い詰めてゆく。壮絶な死闘の末、自らを大蛇丸(おろちまる)と名のった敵は、サスケの首すじに呪印を残し姿をくらます。

試験に大蛇丸が紛れ込んでいると直感したアンコは、大蛇丸を止めるために追跡を開始する。しかし、かつて大蛇丸の弟子だったアンコの力をもってしてもその野望を阻止することは不可能だった。そんな中、大蛇丸との戦いに倒れたナルトとサスケの看病をするサクラを、大蛇丸の手先の音忍(おとにん)たちが襲う。

サクラの危機に現れたリーが三人の音忍にたったひとりで立ち向かう。必殺「表蓮華(おもてれんげ)」で戦うリーだが、音忍たちの音速攻撃を受けついに倒されてしまう。そんなリーの姿にサクラは、いつも皆に守ってもらうばかりだった自分の非力さを思い悔しさをにじませる。そして、大切な人たちを守るため立ち上がる!

満身創痍で音忍と戦うサクラの前に、ライバル・山中(やまなか)いののチームが現れた。サクラの戦う姿に心を動かされたいのとチームのメンバー、奈良(なら)シカマル・秋道(あきみち)チョウジの三人は、サクラを助けるため、フォーメーション「いのシカチョウ」を展開。音忍たちに挑む。

呪印が取り巻く異様な姿で目覚めたサスケは、残忍な殺戮者のように敵を容赦なく痛めつける。その凄まじい力を前にして音忍たちは去っていった。一方、先に塔にたどり着いた犬塚(いぬづか)キバたちは、数時間前に見た砂隠れ(すながくれ)の里の下忍・我愛羅(ガアラ)の戦いを思い出していた……。

つかの間の休息についていたナルトたち。しかし試験のタイムリミットまではあとわずかで、持っている巻物は「地の書」のみ。そんな中ナルトがある提案をする。別の巻物を使って、もう一本の巻物「天の書」を偽造しようというのだ。ナルトたちは中身をマネるため、ゴールまで開いてはならない地の書を開けてみようと……。

ゴールの塔を目指すナルトたちだったが、雨隠れの里の下忍・朧(おぼろ)たちの仕掛けた幻術の罠にはまってしまう。 ずっと同じ所を歩かされ体力を削られたうえ、幻術で作られたいくつもの分身に囲まれるナルトたち。攻撃の効かない相手に苦戦するが……。

ゴールにたどりついたナルトたちを待っていたのは、伝令役のイルカだった。イルカは、ナルト、サスケ、サクラに第二試験の合格をつげる。一方アンコは、大蛇丸が現れたことを火影に報告。だが火影は、大蛇丸の目的がサスケであると承知のうえでこのまま中忍試験を続けると言う。

第二試験合格者たちの前に火影が現れ、中忍試験の本当の目的を語る。この試験は「戦争の縮図」であり、しのぎを削りながら友好を保ってきたそれぞれの忍び里から選ばれた忍たちが命をかけて戦うことで、自国の軍事力をしめす場なのだ。そして発表される第三試験の課題とは……。

突如告げられた第三試験の予選は、一対一で戦う個人戦だった。最初の対戦はサスケと赤胴(あかどう)ヨロイ。大蛇丸の呪印はチャクラに反応するため、多くのチャクラを使用する写輪眼は使えず、さらに、ヨロイの持つ能力によりサスケはチャクラを取り込まれていく。苦戦するサスケを再び呪印が飲み込もうとするが……。

サスケの呪印を封印するカカシの前に、突如現れた大蛇丸。「野望達成のためにうちはの力がほしい」と自らの目的をかたる。一方、試験会場では音忍・ザクと、木ノ葉の油女(あぶらめ)シノが戦っていた。蟲使い・油女一族のひとりであり、チャクラを食らう「寄壊蟲(きかいちゅう)」を操るシノが有利にみえたのだが……。

我愛羅の兄・カンクロウと音忍の剣(つるぎ)ミスミの対戦。あらゆる関節をはずし変幻自在に操ることができるミスミの体躯がカンクロウをとらえる。だが、ミスミが戦っていたのはカンクロウではなく、傀儡師(くぐつし)のカンクロウが操る人形だった! そして次の第四戦。サクラといのの対戦が発表される。

忍としても、恋でもライバル同士のサクラといのの試合が始まった。小さい頃から優秀ないのに対して憧れにも似た感情をいだいていたサクラが、真正面からいのに勝負をいどむ。 両者の戦いは互角。だが、いのはサクラの挑発にのったと見せかけて、得意の「心転身(しんてんしん)の術」を使う機会をうかがっていた。

木ノ葉の下忍テンテンと我愛羅の姉テマリ、またも女同士の対戦。忍具使いの達人テンテンの武器攻撃を巨大扇子で封じたテマリは完膚なきまでにテンテンを痛めつけ、砂隠れの恐ろしさを見せつけた。 そして次の試合、音忍のキンは、シカマルの「影真似(かげまね)の術」をうまくかわしながら勝負を有利に進めていくが……。

ナルトの対戦相手は、忍者学校の同期・キバだ。かつての落ちこぼれだったナルトを知るキバは勝利を確信し余裕の構え。相棒の忍犬・赤丸と連係し「擬獣忍法(ぎじゅうにんぽう)」でナルトを攻撃する。ピンチかと思われたナルトだったが、得意の影分身と変化の術を応用してキバを欺き反撃に出る。

粘り強さを見せるナルトに、キバと赤丸はチャクラを増強させる「兵糧丸(ひょうろうがん)」を飲み、さらなる攻撃を仕掛ける。一方ナルトは変化の術をうまく使いながらすぐれたキバの嗅覚を逆手にとり翻弄。新しい必殺技で倒そうとする。ついに繰り出されたナルトの奥の手とは……!?

日向(ひゅうが)ヒナタ対日向ネジ。日向家の宗家と分家、因縁の親戚同士の戦いとなった。気弱なヒナタはネジの迫力に圧倒されるが、ナルトの励ましの声を聞き、戦いに挑むことを決意する。日向家が受けつぐ「白眼(びゃくがん)」という特殊な瞳術(どうじゅつ)を持つ二人は、いかなる戦いを展開させるのか……?

天才・ネジとの戦いに真正面から挑んだヒナタ。ネジに点穴(てんけつ)をつかれたことでチャクラの流れを止められてしまうが、何事に対しても諦めないナルトの姿を思い出し、勇気をふりしぼって立ち上がる。以前のヒナタとは違い、限界を超えて立ちむかうその姿に皆驚くが……。

次なる対戦、いよいよ砂の我愛羅が登場。相手は体術のスペシャリスト、ロック・リーだ。思いのままに砂を操る我愛羅を、リーは超人的な体術を使って追い込む。そしてとうとう我愛羅の絶対防御「砂の鎧」が外される……!

リーが大技「表蓮華(おもてれんげ)」で我愛羅を徹底攻撃。ついに勝利したかに見えたが、それは砂の抜け殻でしかなかった。我愛羅は禁術を使ったことで体を動かすことができなくなったリーをじりじりと追い詰める。そんな中リーは、師匠マイト・ガイの声に立ち上がり、表蓮華以上の禁術で勝負をつける決意をする。

捨て身の禁術「裏蓮華(うられんげ)」での攻撃を決意し、八門遁甲(はちもんとんこう)の体内門をこじあけるリー。超人的な高速連続体術を使い、まさに命がけで攻撃する。だが我愛羅は砂縛柩(さばくきゅう)で猛反撃。リーは一旦は気を失ってしまうが、自分の忍道を証明するためまたしても立ち上がろうとする。

最終戦のチョウジVSドスの対戦が終わり、これで予選はすべて終了した。いよいよ本選の内容が火影から発表される。その頃、サスケが眠る病室には大蛇丸の指令を受け潜入したカブトの姿があった。護衛の暗部を軽々と倒したカブトが、意識の無いサスケに刃を向ける……!

本選に備えてカカシに修業の相手を頼むナルト。だがカカシは木ノ葉丸の家庭教師を務めるエビスをナルトの指導役に指名する。そのエビスからチャクラコントロールの修業として課されたのは、温泉で湯の上を歩くこと。意外にも早くコツをつかみはじめたナルトに感心するエビスだったが、女湯を覗く不届き者を発見する。

ナルトとエビスの前に突然現れた、「伝説の三忍」のひとり・自来也(じらいや)。エビスを倒してしまった自来也に、ナルトはエビスの代わりに修業の先生になってくれるよう迫る。だが女湯を覗いていた自来也を「エロ仙人」とからかうナルトの頼みを自来也は聞き入れない。

我愛羅を抹殺すべく夜の桔梗城に音忍・ドスがあらわれる。ドスはここで我愛羅を倒し本戦でサスケと戦うつもりだった。その影で密会していたのは、砂隠れの里の上忍バキと大蛇丸配下のカブト。砂と音の計る陰謀とは……? 一方ナルトの「おいろけの術」により、自来也は、ナルトに修業をつけることにする。

口寄せの術の修業を続けるナルトだが、自分の中の九尾の妖狐のチャクラをなかなかコントロールできず失敗続き。一方サクラは、サスケを見舞おうといのとともに病院へ。ところが病室にはすでにサスケの姿はなかった。同じ頃、木ノ葉の上忍たちは、特別上忍・月光(げっこう)ハヤテが何者かに殺害されたと報せを受ける……。

自来也とともに修業を始めて数週間、ナルトはクタクタになりながらも修業を続けるが一向に進歩がみえない。そんなナルトに、自来也はなぜか、大好きなラーメンを食べさせたり修業とは何の関係もないことばかりさせる。あげくの果てに「今から死んで来い」とガケからナルトをつき落とした! だが自来也にはある秘策があった。

ついに九尾のチャクラをひきだし口寄せの術をものにしたナルト。ところがナルトが呼び出したのは体も態度も超巨大なガマガエル「ガマブン太」だった。口寄せガマの中でも最強を誇るガマブン太は「おまえのような子供がワシを呼び出せるはずはない」とナルトに口寄せされたことを信じようとしない。

砂隠れの一行が泊まる宿を抜け出した我愛羅は、リーが入院する「木ノ葉病院」にやって来た。リーの病室に忍びこんだ我愛羅は眠るリーを不気味に見下ろし、ひょうたんの砂を使ってその命を狙う。ところが急に我愛羅の体が動かなくなった。リーのピンチを救ったのは、ナルトとともにかけつけたシカマルの影真似の術だった。

いよいよ本選の日がやって来た。緊張するナルトは、思い出の演習場に立ち寄る。そこに偶然現れたヒナタに「ナルトくんは失敗するからこそ、そこに立ち向かっていく真の強さがある」と言われ、勇気をとりもどしたナルト。意を決して本選会場に向かうが、遅刻ギリギリで……。

受験者と観客が集まる試験会場。しかしサスケの姿はなく、ナルトとサクラはサスケの身に何かあったのではないかと心配する。そして始まったナルトVSネジの一回戦。天才と呼ばれるネジに「落ちこぼれは落ちこぼれだ」と言われたナルトは、自分を、そしてヒナタを侮辱したネジに対し「ぜってー勝つ!」と宣言する。