西暦2100年、世界はコンピュータ・ネットワーク「ワールド・リンク」によって一つに結ばれた。ダイバーランドに住む小学生、結城ケントは、ネット内に作られたテーマパーク「マジカルゲート」でいつものように遊んでいたが、ゲートは謎のプログラム・デリトロスに侵略され、子供たちが閉じ込められてしまう。その中にはケントの弟のカイトも含まれていた。なんとか現実世界に逃げ帰ったケントに対し、ゲートの守護プログラム「グラディオン」は、子供たちを助け出すため、ウェブダイバーとなって共に戦おうと提案するのであった。

謎のプログラム、デリトロスが今度はダイバーランドの送電システムのプログラムに侵入し、街中の電気が落ちてしまう。一方、子供達の意識によって全てが自在に変化する世界であるマジカルゲート内で、マジカルステーションが対デリトロス用の基地に変化する。世界を護り、捕らわれた子供達を助け出そうとするケントの決意により戦う砦に変化したのだ。助けを求めるケントの弟・カイトと友達の救出にケントは急ぐが。

プログラム以上の能力を発揮するグラディオンに驚きを隠せないデリトロスは、今度はマジカルゲートにウェブナイト・ジャガオンを送りこむ。街中が爆風に襲われるものの、フランス人の友人・ジャンに元気付けられたケントは、グラディオンとともにジャガオンを倒すためにダイブする。 段々とシンクロのコツをつかんでくるケント。しかし、敵のウェブナイト達が、デリトロスに侵略される前はマジカルゲートを守るグラディオンと仲間だったことを知ったケントは動揺してしまう。

ダイバーランドの海岸や街のあちこちで、凶暴化した魚が人々を襲う事件が発生する。ケントとアオイは、マジカルゲートに閉じこめられたクラスメイト・コウジの父親の海洋学者・桜庭博士の研究所へ行き、原因を突き止めることに成功する。博士はそれを元に開発したシールド装置を設置しようと潜水艇で海底にもぐるが、凶暴化したサメに襲われる。そんな中、侵略エリアを突き止めたグラディオンから連絡が入り、ケントはマジカルゲートへダイブする。サメ型のウェブナイト・シャークオンの攻撃に苦戦するグラディオンは、グランブレードを使おうとする。だが、シャークオンの中に生命反応が!なんとシャークオンに合体していたのはクラスメイトのコウジだった!

夜中にトイレに起きたケントは空飛ぶヨットを目撃する。次の日は自宅学習日。誕生日にカイトがくれたペンを見て、カイト救出の決意を新たにするケントだったが、突然部屋の中のものが宙を舞い始める。家の外でも洗濯機や電話ボックスが空を飛んでいたが、やがてそれらはミサイルとなってケントやアオイを襲い始める。カイトがくれたペンのおかげでミサイルから逃れたケントは、マジカルゲートにダイブする。原因はウェブナイト・グリフィオンであった。カイトの友達・マモルを取り込んだグリフィオンの攻撃は速すぎてよけることが出来ない。グリフィオンにとどめをさされかけたその時、ケントはグラディオンにある作戦を提案する。はたしてそれは!!

デリトロスより、待望のグラディオン攻撃命令がガリューンに下された!過去の戦闘記録を分析すると、グラディオンには以前みられなかった戦闘パターンがあることに気づく。これは「結城ケント」というウェブダイバーがいるからだと知ったガリューン。一方、コウジとマモルをマジカルゲートから無事現実の世界へと助けだしたケントは有頂天になる。しかし、アオイはグラディオンが独りで友達を戦い倒さなければいけないことに悲しく思う。それに気づいたケントはグラディオンに謝りにマジカルゲートへ。その後、ダイバーランドでは空中に電光竜が現われ、稲妻を街中に発射し町はパニックになる。落雷の衝撃で一時的にケントは強制転送され現実世界に戻ってしまうが、アオイがグラディオンのためにつくったお守りを胸に再度プラグイット!グラディオンの親友であったガリューンに立ち向かうのだが!

悪夢にうなされ、起こされるケント。なんとダイバーランドは陽炎につつまれ、気温は上昇を続けている。次々に不気味な現象がおこり、ダイバーランドの空は赤く燃え始める。ウェブナイトの仕業だと確認したケントは、マジカルゲートにプラグイットし、グラディオンと共に戦いの準備をする。戦闘相手は炎の技を得意とするウェブナイト、フェニクオン。しかも、ウェブダイバーはケントのクラスメートであるキョウイチだ!ダイバーランドにいるケントの友達を苦しめる、ずるがしこいフェニクオンの戦い方にグラディオンとケントは苦戦する。ケントが力つきそうなその瞬間、グラディオンは?

マジカルゲートから帰ってきたコウジ、マモル、キョウイチはケントに協力を申し出る。そのころ、街中の動物達が人間の言葉をしゃべり始め、さらに凶暴化して暴れだす事件が起こった。ケントも飼育係だった弟のカイトが世話していたウサギたちに襲われるが、コウジやマモルたちの助けでなんとか逃げ出し、マジカルゲートにダイブする。今度の敵ウェブナイト・オルトリオンは親王トモユキをウェブダイバーとして同化させていた。それを知ったグラディオンは、「トモユキに兄弟はいるか?」と、ケントに意味深な質問をするのであった。13体のウェブナイトの中で、最も高い守備力を持つオルトリオンに苦戦するケントとグラディオンだったが、仲間の応援を思いだし、なんとか倒すことに成功したように見えたが!

ワールドリンク管理局ではアオイの祖父、有栖川博士やケントの父・タケトらがウェブナイトの居場所を突き止めるマジカルソナーの開発に成功した。そして有栖川博士からグラディオンたちウェブナイトは自ら考え進化する完全自律型プログラムであることを知らされる。博士はマジカルゲートから帰ってきたコウジたちの話から、グラディオンがロボットになっていたことを知って驚く。そのころ、ソナーに新たなウェブナイトの反応が!ウェブナイト・ケルベリオンだ。なんと、そのウェブダイバーはグラディオンの予想通り、親王トモユキの双子の兄・トモヤだった。迷路プログラムに放り込まれ、ウェブダイブのタイムリミットがすぎていくなか、管理局でのコウジ、マモル、キョウイチの頑張りや、アオイのコンピュータ操作のおかげで、ケントとグラディオンはなんとか帰還するが・・・。

街全体が濃い霧でおおわれるダイバーランドに、 ケントの分身が現われた!分身はマモルたち友人に次々とひどい仕打ちをする。誤解を受けるケントに、グラディオンから呼び出しが入る。今回はグラディオンも知らない、全く新しい謎の敵だという。その「謎の敵」とは、双子であるケルベリオンとオルトリオンが合体した、ゴレムオンだった!ケルベリオンの言う「最後の切り札」とはこのことだったのだ!最も防御力に優れたオルトリオンと、最も攻撃力に秀でたケルベリオンが合体してできたゴレムオンは、完璧なウェブナイトであり、もはや全く歯が立たない。だがそのとき、霧の中から姿を現したのは!!!!!!!!!!!!!

町の中をケントがジョギングをしていると、ガリューンが現れケントに再兆戦すると宣告してきた。ガリューンのスパークにより肩に打撃を受けたケントだが、すぐさまグラディオンに呼ばれ、マジカルゲートへと急ぐ。ファイターモードとなったガリューンのウェブダイバーは、フェンシングの得意なジャンのライバル、シャルルだ。フェンシングのプロであるシャルルとウェブダイブしたガリューンはさすがに強く、肩を痛めているケントは苦戦する。それを見て、正々堂々と戦うことを望むガリューンは、この勝負をお預けにしようとする。その途端、デリトロスが出現!またとないチャンスを逃そうとするガリューンに怒るデリトロスに対し、部下でいることを拒否してしまう。だがデリトロスに支配されているシャルルにより強制的に操られ、ガリューンは苦しみながら、グラディオンに攻撃をしかけてくる。ケントは悪の支配下にいるグラディオンの親友、ガリューンをデリトロスの手から助けようと力を振り絞るのだが!?

ある翌朝、なんとカイトが現実の世界に戻っている?!タケトもナツコもそしてダイバーランド中のみんなが、今まで起こっていたデリトロスによるマジカルゲートの侵略など知らないようだ。そのことをあやしむケント。実は、デリトロスが仕組んだニセのダイバーランドへ転送されていたのだ。異変を悟ったケントは、グラディオンの助けによりこの偽ダイバーランドから無事脱出する。そこへ巨大なデリトロスが姿を現し、グラディオンは、復活した他のウェブナイト達と共に、デリトロスに立ち向かうのだが、デリトロスの威力は想像以上で、グラディオンたちは限界までダメージを受けてしまう!だが、怒りに燃えるケントとグラディオンのパワーにより、フェニクオンとグラディオンのプログラムがリンクし、新たな防衛プログラムへと成長を遂げる。はたして、グラディオンたちの運命は!!

小学校入学以来、ケントと百番勝負を繰り広げてきたナオキ。そのナオキは西洋竜の形をしたウェブナイト・ドラグオンのウェブダイバーになった。一方ダイバーランドでは、地面に現われた黒いシミが街全体に広がる現象が起き、それに触れた人はたちまち黒い像になってしまう。ケントたちの学校でも、先生、コウジ、マモルらが黒い像になってしまった。だが、 アオイの機転でなんとか逃げ出しコスモエリアに向かったケントは、敵のダイバーが親友・ナオキだと知って驚愕する。宇宙ではドラグオンに分があるうえ、ケントのショックも大きく、グラディオンは手も足も出ない。 そのころ、フランスのジャンの部屋では、不思議な現象が起こっていた。

アオイらと映画の待ち合わせをしていたケントは、勝手に動き始めた建設中の超大型天候マシン「風神」が作りだした竜巻の突風の中に閉じこめられてしまう。父・タケトの必死の救出作戦も全て失敗に終わる。博士やアオイは、「風神」に指令をおくっている気象管理衛星「あさがお」に遠隔操作で別の廃棄衛星をぶつけ、竜巻からケントを解放する。そのころ、グラディオンとの戦いで傷ついたドラグオンは、回復を待つ間、ジャガオンのジャギを実体化させた「ブラックジャガオン」を誕生させる。ナオキとドラグオンの心で操作するブラックジャガオンの攻撃に、大きなダメージを受けるグラディオンとケント。だがそこに、本物のジャガオンが現われた!

街中がやけに静かだ。路上でも公園の中でもみんなが眠りに落ちている。不思議に思ったケントとカロンだが、どうやらマジカルゲートに行っている間に現実の世界では、ナオキの操作する、謎の電脳クラゲのハミングをきいてみんな眠ってしまったようだ。このハミングは、今度は寝ていた人を夢遊病のように動かしマジカルゲートへ行こうとするケントのジャマをする。さらにGコンを使ってプラグイットしようとしたケントは大ピンチ!アオイがなんとGコンを壊してしまったのだ。一方グラディオンは、コスモエリアで、ブラックグリフィオンとブラックフェニクオンに攻撃され苦戦していた。シャークオンに助けられ、なんとかプラブイットしたケントはウェブダイブして敵と戦う!　その後、無事戻ってきたことをジャンに報告している最中に、ガリューンが突然現われジャンとの通信を切断された!　一体ジャンは無事なのだろうか?

しばらくジャンと連絡が取れないケントに、突然ジャンからグラディオンと一緒にマジカルゲートに来てほしいと連絡がきた。怪しむグラディオンとカロンだが、ジャンとの待ち合わせ場所に急ぐケント。なんとジャンはガリューンのウェブダイバーとなっていた!それも、ジャンはガリューンに操られてはおらず、自らの意思でウェブダイバーとなったのだという!!　ジャンはケントに対する胸の内を語り、ケントに戦いを挑む。この戦いをおもしろそうにみているナオキとドラグオン。ケントはこのジャンの突然の変化にショックを隠せない。仲の良い2人はウェブダイバーとして戦わなければいけない宿命なのか?! また、グラディオンとガリューンはこれからどうなるのか?

ケントとカロンは、新しく仲間に加わったジャンと一緒に、過去の戦闘データを振り返り、今後の戦いの作戦会議を行う。未回収の残り5体のウェブナイトのうち、ドラグオンは敵になっており、それ以外はグラディオンにもデータがない。更に、残りのクラスメイト(ショウ、ツバサ、そしてカイト)の行方もわからず、暗くなる一同。だが、ガリューンやジャンが仲間に加わったうえ、ケルベリオン・オルトリオンの修復も順調だ。気を取り直し、「打倒デリトロス」を誓い合うケント達であった。一方、暗黒の電脳空間ではデリトロスの元から新たに2体のウェブナイトが出撃する。

自分だけマジカルゲートへ行けないのは不公平だと怒るアオイの気持ちを知り、グラディオンはアオイをマジカルステーションに招待する。ケントとジャンは、勝手に見学を楽しみ、グリフィオン達と仲良くなってしまうアオイを、危険だから家に帰るよう説得するが、アオイは二人の話を聞こうともしない。そのころ、リュウグウエリアをパトロール中のシャークオンは、突如現われたドラグオンに石化されてしまう。かつてのクラスメート・ナオキの変貌にアオイがショックを受ける中、ケントは出撃するが、ドラグオンとナオキはシャークオンを盾にしているため、手が出せない。アオイは分析システムを使ってドラグオンの弱点を見つけだし、ケント達はピンチを切り抜ける。マジカルステーションのみんなもアオイを戦士として認めるのであった。一方、デリトロスに逆らったナオキは・・・

ダイバーランドの上空になんとオーロラが発生した。はしゃぐ子供たち。だがウェブナイト・ライガオンがオーロラエリアで放つジャギにより、学校では子供たちの体がくっついたり、離れたりと大パニック!そのライガオンのウェブダイバーはケントのクラスメートの原ツバサだった。グラディオンも、マジカルゲートがデリトロスに襲われる前、別々のチームで行動していたため、ライガオンについてはよく知らない。忘れたカバンを届けに学校へ来た母・ナツコに不審がられながらもウェブダイブするケントだったが、オーロラに隠れて攻撃をしかけるライガオンに苦戦する。それを見たアオイの分析により選ばれたグリフィオンが出撃、グラディオンとの合体でライガオンを倒したかに見えた。が、しかし…!

ケントのクラスメート・ショウの姉であり、ワールドリンク管理局の研究員である倉知レナが、「マジカルワクチン」を開発した。そのワクチンを投入した結果、デリトロスに侵略されたエリアの一つを通常空間に戻すことに成功し、倉知ショウがリアルワールドに戻ってきた。クラスのリーダーの帰還にみんなも大喜び。倉知家では姉・レナがご馳走を作って祝い、弟を歓迎する。カロンは、「ショウだけ普通に脱出できたのはおかしい」と指摘するが、それを聞いたケントは逆に、ショウを疑うカロンを叱るのであった。そのころ、ダイバーランド各地では光ケーブルネットワークに異常が発生、情報機器が次々に暴走し爆発する。そしてワールドリンク管理局には、ナゾの仮面の男が現われたのだった…。

リアルワールドに戻ってきたショウは、マジカルワクチンを破壊する為、「家族の仕事」という学校の宿題を利用し、レナが働く管理局に入り込もうと計画する。何も知らないケントは、ショウのお願いなら、と父・タケトに頼んでショウを管理局につれて行く。だがレナのいる実験室に入ったその途端、異常が発生!マジカルワクチンを狙うショウは、コンピューターのバリヤーを解除するようレナに迫る。仮面男の正体がショウだったことを知り、ショックを受けるケント。レナ脅迫のため、ショウはスパークを放ちケントを苦しめるが、危機一髪のところでカロンが助けに入る。ショウをマジカルワールドに連れ戻してしまうぺガシオンに、怒りに燃えるケントのパワーが炸裂!だが、ぺガシオンとショウのデータが消失してしまう。誰かに回収されたようだが、一体誰が?

マジカルワクチンによるマジカルゲートのプログラムの修復作業が順調に進んでおり、コスモエリアがもとに戻り始めるのを見て喜ぶタケト(ケントの父)と有栖川博士。ナオキの父・ナオジロウ(=子供の頃からタケトのライバル!)と妹・ユカリは、ナオキの生還を心待ちにしている。ユカリは弓道大会を控えているが、大好きな兄がいなくなってからうまく弓を操ることもできず、ひどく落ち込んでしまっている。ケントとアオイはユカリを励まし、3人で昔の出来事を回想し思い出にふける。コスモエリアにいるナオキは、この3人のやりとりを見てすっかり取り乱してしまい、一瞬デリトロスによる洗脳が解けるが、激しいジャギオーラのスパークに包みこまれ、再びデリトロスに洗脳される。ケントに対する憎しみのエネルギーをあふれさせるナオキ。翌日の弓道大会では、ユカリが見事3位入賞をはたすことができた。ナオキをユカリのもとに帰す決意に燃えるケントにグラディオンから連絡が!相手がドラグオンとナオキだとわかると、今日こそ決着をつけようとウェブダイブするが…。

ケントとグラディオンは、ナオキの乗ったドラグオンと戦うため、コスモエリアへ向かった。管理局ワールドリンクのコンピュータは、グラディオンが不利だと予測する。博士やケントの父・タケトが戦局を見守る管理局に、コウジらクラスメートも応援に駆けつける。妹・ユカリちゃんのためにも目を覚まして帰ってこい、と説得するケントだが、デリトロスに洗脳されているナオキには何を言っても無駄であった。またケントとの百番勝負もナオキは「ガキの遊び」と一蹴する。激しい戦いの末、ドラグオンの攻撃をまともに受けたグラディオンは大爆発を起こし、機能を停止してしまう。その結果、アオイやカロンのいるマジカルステーションまでもがデリトロスに侵食される。一方、ジャンとガリューンはグラディオンを助けるため、 危険を冒してデリトロス空間へ突入するが…。はたしてケントとグラディオンの運命は…!?

ついにリアルワールドに帰ってきたナオキ。ケント達はパーティーを開くが、ナオキは元気がない。洗脳されていたとはいえ、ケントを苦しめたナオキは、ケントに「あわせる顔がない」のだという。一方マジカルゲートでは、グラディオンがドラグオンを倒したにも関わらず、コスモエリアが元に戻らない。また、回収したドラグオンのデータもなぜか消えかかっており、このままでは閉じこめられた子供たちも戻って来られない。ドラグオンを復活させるため、ケントの説得でナオキは再びウェブダイバーとなる決心をし、共にコスモエリアへダイブする。だがドラグオンはナオキの呼びかけにも反応せず、眠ったまま。そこへドラグオンの復活を阻止すべく、巨大なデリトロスが現われた。グラディオン・チームも全員で迎え撃つが、全く歯が立たない。ナオキは、なかなか目を覚まさないドラグオンに、悔し涙を流すのであった…。

マジカルワクチンを完成させるため、ワールドリンク管理局では最後の追い込みに入っていた。だが、街中の時計が狂いだし、管理局ではタケト、有栖川博士ら局員がみんな子供になってしまった!「時の神」を自称するダイタリオンの仕業で、 時間が逆行してしまったのだ。また、各エリアをパトロール中のグリフィオンたちは、巨大な斧に襲われる。ケントはマジカルゲートにダイブしタイムエリアに向かうが、そこにいたのはグラディオンより遥かに小さいウェブナイト「タイタン」であった。それを見てバカにするケントだったが、タイタンのスピードはグラディオンを遥かに上回り、グラディオンは巨大砂時計に閉じ込められてしまう!子供になった博士やタケトは、ゲーム等で遊んでばかりだが、 アオイは彼らをなんとか説得してマジカルワクチンを完成させるよう促す。はたしてマジカルワクチン完成は間に合うのか!?

ケントが小さいとバカにした「タイタン」は、巨大なウェブナイト「ダイタリオン」の頭部にすぎなかった!ダイタリオンはマジカルワクチンをいとも簡単に消滅させる。更にはグラディオンにも大きなダメージを与え、ケントは強制的にウェブアウトしてしまった。ケントからダイタリオンの強さを聞いていたナオキに、ドラグオンから連絡が入る。グラディオンの最強のパートナー「ワイバリオン」を探さねばならないという。ドラグオンによると、ワイバリオンとグラディオンが合体すれば、あのダイタリオンと互角に戦えるというのだ。眠りについたままマジカルゲートを漂っているワイバリオンを捕まえるため、ケントとナオキはジュラシックエリアへ向かった。恐竜に襲われるケントたちをドラグオン、ジャガオンが助ける。カロンの計算通り、ワイバリオンはジュラシックエリアに現われるが、ドラグオンやジャガオンを敵だと勘違いしており、味方同士で戦う羽目になる。そこへグラディオンが到着するが、2体のウェブナイトは本当に合体できるのだろうか?

ダイバーランドの上空に超巨大なアナログ時計の文字盤が現われ、ダイタリオンが人々に「ダイバーランドは12時間後に消え失せる」 と宣言した!だが、カロンもダイタリオンの居場所を特定できず、グラディオンは出撃できない。有栖川博士は記者会見で、ダイタリオン・プログラムを破壊しダイバーランド爆発を防ぐため「大人をダイブさせる」計画を発表する。ダイブする大人として選ばれたのは、ワールドリンク管理局主任でケントの父の結城タケトであった。猛反対するケントは、無力な自分に落ち込む。タケトのダイブは成功したが、ダイタリオンの潜むタイムエリアへ降下する途中に消息を絶ってしまった!

ダイバーランド爆発まであと6時間と迫った。タイムエリアではグラディオン・チームと、「時の神」ダイタリオンとの戦闘が始まる。さらにショウがウェブダイブするぺガシオンとツバサがウェブダイブするライガオンが現れ、ダイタリオンと合体し「ダイタリオン・プライム」となる。ダイタリオン・プライムの発するビームに弾き飛ばされるビクトリーグラディオン。一方、マジカルゲートにダイブしていたケントの父タケトは、たどりついた「時の神殿」の中でカイトに再会した!グラディオンたちはケルベリオン・オルトリオンの助けで危機を脱出し、一気に決着つけようとする。だが、グランブレードがダイタリオンの脳天を割ろうとした瞬間、グラディオンが動きを止め、ケントは何のことか分からないまま強制的にリアルワールドに戻されてしまう。グラディオンは、ダイタリオンの体の中にケントの父タケトと弟カイトが囚われているのを見たのだ。

ついに自分の秘密を告白したケント。ケントがウェブダイバーとしてグラディオンと融合し、今まで戦ってきたことを知った有栖川博士は、驚愕する。ケントは父タケトを助けるためネオダイブシステムを使いたいと嘆願し、アオイやナオキ、ケントの母ナツコらの説得で、博士はようやく了承する。ケントはカロンから父タケトと弟カイトが人質にとられていることを聞き、グラディオンではなくダイタリオン内部にダイブするが、ダイタリオンの作りだす幻影に惑わされる。なんとかタケトとカイトのいる神殿にたどりついたケントは、デリトロスに洗脳されたショウ、ツバサと戦う羽目に。グランブレードで二人の攻撃をかわしたケントは、タケト・カイトと感動の再会をはたす。だが出口を塞がれてしまったために、3人は ダイタリオンの体から出られない。ダイバーランド最期の時が刻一刻と迫る !

ダイバーランド爆発まで残り10分を切った。グラディオンはダイタリオン・プライムとの戦いで磔(はりつけ)にされるが、間一髪で到着したガリューン、ドラグオンのおかげでピンチを逃れる。3体は力を合わせて反撃に出る。さらにワールドリンク管理局から発射されたマジカルワクチンにも助けられ、ダイタリオンを倒すことに成功する。時計はダイバーランド爆発1分前で停止、タイムエリアは元の姿に戻り、ついにカイトもリアルワールドに戻ってきた!ショウやツバサも同様、そして残された子供たちも皆、帰ってきた。世界中がお祭り騒ぎである。だが、ダイタリオンはまだ消滅してはいなかった!ダイバーランドではジャギ爆弾が復活し、1分前からのカウントダウンが再び始まってしまう!!

再びカウントダウンの始まったジャギ爆弾を止めるため、グラディオンはケントを残して単身出撃し、ダイタリオンの道連れとなって共に爆発した。その結果ダイバーランドの爆発は免れたが、グラディオンはもちろんのこと、マジカルステーションも消滅してしまった。管理局では、アオイがケントやグラディオンと一緒に戦うようになった経緯を博士に話し、またカロンは今までのマジカルゲートにおけるケント達の戦闘記録を博士やタケトに全て見せる(公開する)のであった。一方臨海公園では、グラディオンが消滅して落ち込むケントをナオキが元気づけようとするが…。

洗脳から解放され正義のウェブナイトに戻ったダイタリオンは、ケントに助けを求めた。グラディオンはまだ死んではいないが、助けるためにはケントの力が必要だという。ダイタリオンはケントのサポートロボ・カロンの内部におり、デリトロスと戦っているのだ。ケントとショウは、カロン内部にプラグイットする。ショウはダイタリオンの気持ちを知り、ウェブダイバーに名乗りをあげ、ケントはグラディオンを甦らせようとするが、デリトロスの攻撃で受けたダメージが大きすぎる。だがその戦いの様子が、世界中のコンピュータに配信されていた!　そして奇跡が…!!

マジカルゲートの反対側にデリトロスゲートが現われた。そこにあるデリトロス城ではデリトロスの美少年戦士・リュウトが誕生する。一方、ダイバーランドで黒い闇に飲み込まれてしまったケント達が我に返ると、街の様子がおかしい。デリトロスによってケント達はデリトロスゲートに飛ばされてしまったのだ。だが、グラディオン達の懸命なガードによって、ゲート内にある「もう一つのダイバーランド」に収容されたのだった。ケントはリュウトの挑戦を受けて立ったが、リュウトがウェブダイブしたデリトロスモンスター・ガイムーオはグラディオンの攻撃を全て跳ね返してしまう。

デリトロスゲート内のもう一つのダイバーランド「バーチャルダイバーランド」に飛ばされてしまったケント達6人 とカロンのサバイバル生活が始まった。アオイは生きのびるためスケジュールを作成し、ちゃっかり皆を仕切っている。ケントはアオイに課された別メニューの特訓プログラムにヘトヘトだ。そこに悪のウェブダイバー・リュウトの操るガイムーオが現れ、ケントとカイトを捕らえてしまう。ジャンはガリューンと出撃するが、ガイムーオの素早い動きは、グラディオンにそっくりだった!

ケントとナオキのサバイバル百番勝負が始まった。似た者同志の二人の勝負は、なかなか決着がつかない。はてしなく続く低レベルな勝負の数々に皆もあきれ顔だ。だが、二人が 「アオイがなくした髪飾りを探す」という勝負で洞窟に入っているとき、リュウトの操るデリトロスモンスター「マーナ・イータ」が、バーチャルダイバーランドのバリアーを破ろうと攻撃をしかける。ナオキはドラグオンと出撃するが、ケントはまだ洞窟の中にいる。はたしてナオキ1人で持ちこたえられるのか!?

ショウはバーチャルダイバーランドの海岸で、引き潮で沖に一部病院が姿を現しているのを発見し、いつか必要になるだろうとイカダを作り始める。カイトは張りきって手伝うが、作業中にケガを負ってしまった。熱もあるようだ。薬を求めてケントはショウと一緒にイカダで病院へ向かうが、 その頃デリトロスモンスター・ガニダラーバが大量の泡で島を攻撃し始めた!　ケントは出撃し、病院に残ったショウもついに海中(水中)で薬を見つけ、ケントを追ってダイタリオンで出撃するのだった。

カイトは自分を一人前に扱ってもらえないのが不満だ。だが皆を手伝おうとしても、迷惑をかけてばかり。そんな時、リュウトが放った光の輪が現れ、ケント達はコンピューター上のアイコンにされてしまった。カイトは閉じこめられた皆を助けようと無理矢理プラグイットし、ワイバリオンのウェブダイバーになってケント達を解放する。そしてデリトロスモンスター「ボートン」と対峙するケントとカイト。その時2人の心がつながって誕生したビクトリーグラディオンは新たな力「ビクトリーマキシマ」を発動するのだった!

クリスマスの時期がやって来た。アオイは小さいころ両親を亡くして以来、クリスマスはいつも祖父の有栖川博士と一緒だった。だが、今はアオイ達がバーチャルダイバーランドにいるため、 連絡さえとれない。皆は寂しがるアオイを元気づけようと、秘密でクリスマスパーティを企画した。ケント達はアオイへのクリスマスプレゼントとして、グラディオン達に協力してもらい、現実世界と連絡をとるための通信プログラムを発射しようとする。だが、リュウトがウェブナイト達の行く手を阻む。はたしてアオイの願いは叶うのか!?

リュウトの眠っている間に部下のラーダが直接バーチャル・ダイバーランドに入り込み、ケントの弱点を探る。だが、なかなか役立つ情報を手に入れられない。そこで、アオイたち仲間を洗脳して情報を得ようとする。その結果ナオキはケントの致命的な「あっち向いてホイ」の癖を教えてしまうのであった。リュウト・フィールドでラーダはその弱点を利用してケント・グラディオンを攻撃する。ケントは全くかわすことができないが、そこにかけつけたジャンに自分の癖を教えられる。ケントは弱点を克服してラーダを倒すことができるのか?

100万年前、デリトロスモンスターの侵略で自らの住む電脳世界を滅ぼされた少年・クロルが、バーチャルダイバーランドにたどりついた。クロルは百万年の間、種の形で冬眠し、電脳世界をさまよっていたのだ。そこへクロルの星を滅ぼした張本人であるデリトロスモンスター:ジェラードが襲撃してくる。プラグイットして反撃するケント、ナオキを助けるため、クロルは捨て身の攻撃を行うのだった…。

リュウトはケントそっくりな偽ケントに化け、バーチャルダイバーランドに入り込んできた。カイト、アオイ達仲間も本物と全く区別がつかない。本物ケントを黒い球体の中に閉じこめた偽ケントは、プラグイットしたうえ、マジカルステーションの本人チェックも通過し、グラディオンとの合体にも成功してしまう。ついにグラディオンを手に入れたリュウトは、本物のふりをしてショウのダイタリオンを倒そうとする。はたしてケントはグラディオンを止めることができるのか!?

このところケントと仲間たちの関係が良くない。リュウトの部下・ラーダはそれを利用して皆の心の隙に入り込み、チームワークを乱そうとする。その結果、カイト、ナオキ、ショウがコミュニティセンターを去ってしまう。だが、グラディオンから知らせを受けたケントが、データブラックホールに吸い込まれかけた3人の危機を救ったことで、再びみんなの心がまとまるのであった。

「ケントにあってリュウトにないもの」が何なのか分からないリュウトは、我を忘れてバーチャルダイバーランドごと消滅させようとするが、忠実な部下・ラーダが止めに入る。ラーダは、自らの命に代えてもケントの強さの秘密を暴く事を誓い、バーチャルダイバーランドに吹雪を起こしてケントを追いつめる。巨大ラーダとグラディオンの壮絶な戦いの末、命と引き換えにラーダが手に入れたケントの強さの秘密とは…!?

バーチャルダイバーランドの消滅が近づいているため、皆は名残惜しいがマジカルステーションへの脱出を決意した。そこへデリトロスアイが現われ、全ウェブナイトが出撃する。グラディオンが内部に吸い込まれるが、 なんとか内側からデリトロスアイを破壊したことで、アオイ達は、エンジェのサポートもあり、バーチャルダイバーランドの消滅前に脱出に成功する。だがそれは、グラディオンにあらゆる攻撃をさせて、全てのデータを手に入れるためのリュウトの作戦だった…!!

デリトロスの攻撃でバーチャルダイバーランドが完全に消滅し、ケントたちは全員マジカルステーションにプラグイットした。不安でなかなか眠れないカイトを、アオイは今までの自分たちの戦いを振り返りながら元気づける。自信を取り戻すカイト。そして元の世界に戻るため、力を合わせて戦う決意を新たにする6人であった…。

マジカルステーション消滅の危機をエンジェが救った。女性の姿をしたマジカルゲートの管理プログラム「エンジェ」はなんと、アオイの母の人格データを元に作られたものだった。今明かされるマジカルゲート誕生秘話。更に分析の結果、ケント達は最初からデリトロス城の中にいたことが判明する。デリトロスゲート自体がデリトロス城だったのだ。エンジェの協力も得て、現実世界へ帰るための戦いが始まった。一方、リュウトはグラディオンに関するデータを全て集め、自らのウェブナイトを完成させてしまう…。

デリトロスゲートの中心部のシールドの開け方を知っていたグラディオンを見て、ケントはグラディオンが何者なのか疑問を抱く。デリトロスモンスターの大群がマジカルステーションを襲うが、ナオキ、ジャン、ショウの(ドラグオン、ガリューン、ダイタリオンの)援護により、ケントとグラディオンはリュウトの待つ「王の間」に入る。だがそこでケント達が目にしたものは、もう一体のグラディオン「ダークグラディオン」だった!

リュウトの作り出した悪のウェブナイト「ダークグラディオン」と、ケントのグラディオンとの激しい一騎打ちにより、ジャン、ナオキ、ショウは異空間に飛ばされ、グラディオンはエンジェでも修復不能なほどダメージを受けた。ケントはグラディオンの意識を取り戻すべく、危険をかえりみずウェブダイブし、グラディオンの心の中に入る。そこでケントは誰も知らなかったグラディオンの重く、悲しい過去を知るのであった。

再生した多数のデリトロスモンスターがマジカルステーションを襲う。 壮絶な相打ちで消滅したジャガオンに続き、残りのゴレムオン、シャークオン、フェニクオンらも次々に特攻をかけ、敵もろとも消滅していく。悲しみに暮れるケントは、修復の終了したグラディオンと出撃するが、リュウトは更にグラディオンを4体作り上げていた。絶体絶命のピンチに、ダメージから回復したナオキのドラグオン、ジャンのガリューン、ショウのダイタリオンが駆けつける!

一同は、ショウが開発したマジカルレールで、ケントとグラディオンを弾丸のようにして発射し、デリトロス城の心臓部を破壊する作戦に出た。 残りのウェブナイトはケントを援護するが、偽グラディオン達の体当たりでマジカルステーションは爆発してしまう。その瞬間、ダイタリオンが時間をストップさせるが、フルパワーでも戻せる時間は3秒だけだ。ショウとナオキはマジカルステーションを救うため、ある決意をする…!!

弾丸と化したグラディオンの攻撃でデリトロス城は消滅し、ケント達の乗るマジカルステーションはマジカルゲートに戻ってくることができた。デリトロスの目的を知った有栖川博士始めワールドリンク管理局の人々も援護し、デリトロス(ダークグラディオン)はダメージを受ける。自らが滅ぼした惑星・クーリアへ向かったデリトロスは、さまよう亡霊達の魂を吸収し、遂にデータ生命体「デリトロス・デビル」となってしまった。グラディオンはケントを置いて単身、デリトロスを追いかけるのであった…。

グラディオンの故郷・惑星クーリアで、グラディオンとデリトロスの最終決戦が始まった。ケントもクーリアにたどりつくが、グラディオンはケントを守るため、ウェブダイブを拒み一人で戦おうとする。だが、ケントの説得により融合をはたし、戦いはクライマックスへ!　はたしてケントとグラディオンの運命は!?