西暦２xxx年の未来世界。裕福な人々は機械の身体に魂を移し替えて機械化人となり、永遠の生を謳歌している。一方、貧しい人々は機械の身体を手に入れることができずに死の恐怖に怯え、さらに多くの生身の人間は機械化人に差別・迫害されていた。「機械化こそは最良の生き方であり、宇宙の意志である」宇宙は｢全宇宙機械化」を目指す機械帝国の女王プロメシュームに支配されており、生身の人間からすると機械化人は恐怖の対象ではあるが、恐怖やみじめさから逃れるために機械の身体に憧れを持つ者も少なくない・・・母を機械伯爵に殺された少年・星野鉄郎は謎の美女・メーテルから銀河超特急999号のパスポートを渡され、機械の体を求めて旅立つ。母の復讐を胸に秘めて・・・