太古、世に災いをもたらす妖剣との戦いで諸国連合の盟主･蒼（そう）帝が命を落とす。妖剣は一時的に封印されたが、蒼帝は死の間際に継承者を捜して妖剣を根絶せよと命を下す。その500年後、妖剣討伐を担う者を育成する四大学府は入門試験の準備を進めていた。白家の長女･白秋雪（はくしゅうせつ）は試験に備えて、許婚の秦問天（しんもんてん）にあるお願いをする。

大羿国では摂政･羿横（げいおう）が、四大氏族の１つである莫家と秦家が手を結ぶのを恐れていた。その頃、莫家の一人娘･莫傾城（ばくけいせい）は入門試験を受けるために天墉城に向かっていたが、道中、夜空で起こっている不思議な現象を目にする。そして迎えた試験当日。“覇王台”という階段を上っていく試験が受験者に課せられ、秋雪がトップの成績を収める。

傾城は、今まで変化のなかった花の種から芽が出ているのに気づき、その原因が問天の血にあるのではないかと考える。その頃、問天は神紋器を求めて星河公会を訪ね、精錬師の封平（ほうへい）と出会う。そこで問天は初めてにもかかわらず見事な神紋器を作ってみせる。一方、太子の羿無為（げいむい）は、宮中で居場所を失い、九華門で修行を積もうとしていた。

最終試験が行われている暗黒の森。日が暮れる頃、傾城たちの前に妖狼が現れる。傾城は１人で妖狼を追い払うことに成功するが、今度は謎の男が傾城を襲う。異変に気づいた問天が傾城のもとに駆けつけ、２人は謎の男を撃退するものの、問天はケガを負ってしまう。九華門の師範･莫傷（ばくしょう）は、大羿国の敵である暗夜族の仕業ではないかと疑う。

問天と傾城は神兵閣という精錬所へ行く。そこで問天は短剣に複雑な神紋を彫って、傾城に贈り物として渡す。２人が九華門へ戻ると、入り口には秋雪の妹･白晴（はくせい）の姿があった。夜、問天は自分と晴との仲を、傾城が誤解したのではないかと不安になる。その頃、天墉城では敵の侵入を防ぐ赤銑天壁（せきせんてんへき）に亀裂が入り、犯人捜しが進められることに。

莫家の祖宗は、傾城たちに「明日から旅に出る」と伝える。祖宗の口ぶりから、傾城は何か問題があるのではないかと気にかける。九華門では、問天の幼馴染みである凡楽（はんがく）が、師姉にあたる若歓（じゃくかん）に想いを寄せていた。そして無為は秦瑶（しんよう）に恋心を抱く。だがある日、無為が贈り物を考えながら街を歩いていると、突然何者かに襲われてしまい…。

凡楽は傾城と無為を誘い、問天も合わせて４人で問天の昇級祝いをする。ところが４人が酒を飲んでいた場所はただの林ではなかった。一方、何者かに捕らえられていた晴は、見知らぬ場所で目を覚まし、そばには暗夜妖皇が立っていた。暗夜妖皇は問天が持っている星魂石が欲しいと言って、晴に星魂石を取り出すための月黒散を渡す。

晴が九華門に戻り、問天と傾城に手料理を振る舞う。スープに月黒散をこっそり入れた晴は、器を問天に渡すのだが…。その頃、暗夜族の孤狼（ころう）は莫家の精巧な幻陣を破って部屋に侵入していた。そして飾ってあった絵の裏に隠された空間に入り込む。屋敷の異変に気づいた莫天霖（ばくてんりん）が様子を見に行くと、孤狼は逃げたあとで絵も盗まれていた。

葉家の長男･葉無缺（ようむけつ）は、競技会中に問天を潰そうと画策する。競技会では、問天がいる青雲盟と、問天らを敵視する騎士盟が勝ち上がり、決勝戦で戦うことになる。一方、朝廷では四大氏族が羿横に謁見していた。葉家当主の葉黙（ようもく）は、白家と結託して、赤銑天壁が崩落したのは秦家が壁の材料をごまかしたからだとして秦家を陥れようとする。

問天が決勝で勝つ。しかし、負けた欧峰（おうほう）は問天の背後を狙う。間一髪で止めに入った傾城が一撃を食らい、傾城を抱きかかえた問天の背中に欧峰の槍が刺さる。問天は欧峰を槍ごと吹き飛ばし、欧峰に重傷を負わせてしまう。決勝戦のあと、師範たちの間で議論が行われ、問天は規則に抵触したと言う声も上がるが、千手（せんじゅ）師範長の判断は…。

瑶が目を離した隙に、星宿（せいしゅく）師匠が部屋の外へ。星宿師匠は九華門に忍び込んでいた鬼狼（きろう）と出くわし殺されてしまう。傾城は暗夜族の仕業ではないかと考え、密かに手がかりを探す。すると、ある商売人が独特の手口で殺されたことが分かり、傾城は嫌な予感を抱く。その頃、五温散という強い毒で大羿国を混乱に陥れようとする者がいた。

皇城で謎の疫病が広がり人々が倒れていく。その頃、天墉城では秦家の屋敷に葉家軍が押し入る。葉家は秦家を勅命のもとに連行するつもりだ。納得のいかない秦家は戦おうとするが、すぐ劣勢に立たされてしまう。そこへちょうど問天が助けにやって来る。また九華門の外では、凡楽と若歓が敵の結界に閉じ込められピンチに陥っていた。

天墉城が葉家軍に包囲されてしまう。秦河（しんか）たちは問天の助言どおり、星河公会へ助けを求めることに。その頃、無缺は問天に弟を殺されたことを恨み、復讐を誓っていた。傾城は疫病に効く解毒の処方を考えていたが、元侍医から何かが欠けているとの指摘を受ける。ところがそれを知らない秋雪が、傾城の不完全な処方を盗み見て…。

星河公会の木青（もくせい）長老が秦家を裏切り、問天は葉家軍と対峙する。弟を亡くした無缺と、いとこを殺された問天は激しく戦う。ピンチを切り抜け、その場を逃げた問天だったが、自分のせいで秦家を危険にさらしてしまったと自らを責める。秦家は大羿で追われる身となり、北西へ行く者、雪雲国へ向かう者と、家族は散り散りになってしまう。

暗夜族が葉家に対して疫病の件を隠していたため、葉黙は暗夜族に警戒心を抱くようになる。また、葉黙は問天に息子を殺されたことを知り、問天に憎しみを募らせる。問天も大きなケガを負い、封平の応急処置を受けていた。そこへ傾城もやって来て問天を励ます。問天たちは封平の案内で、星河公会へ抜ける秘密の通路を進んでいく。

孤狼は無缺に侵入者を皆殺しにできる秘術を教える。無缺は問天を殺すつもりだ。一方、追われる身となった瑶は無為と一緒に太子の輿に乗り、問天のいとこ･秦志（しんし）を伴ってうまく城外へと抜け出す。問天は義父･秦川（しんせん）と祖父･秦昊（しんこう）が捕らわれているであろう場所へと忍び込むが、共に行動していた傾城や凡楽と穴に落ちてしまう。

問天たちは、神兵閣の安（あん）閣主の助言に従い、頃合いを見計らって九華門に戻ることに。傾城は、自らを責め続けている問天を元気づける。その頃、秋雪は秦家が謀反を起こしたという知らせを信じられずにいた。無缺はそんな秋雪に、郡主に封じられた身で秦家には近づくべきではないと言う。そんな中、瑶と秦志は雪雲国に到着するが…。

これまで協力してきた孤狼と葉家はお互いに不信感を抱くようになっていたが、無缼は孤狼に問天を殺す約束をさせ、そのための計画を話す。その頃、雪雲国では太子･蕭律（しょうりつ）が、秦家への助力を求める瑶にある提案をしていた。それは瑶と大羿国に行く際、雪雲国太子の妻として入国するというものだった。他意はないと言う蕭律を瑶は信じることにする。

問天は皇城の流蘇節（りゅうそせつ）に傾城を誘い、２人は一緒に街へ出る。そして願い事が書かれた札を選んで縁結びの木に結びつける。その頃、無缺らは羿横の息子･天驕（てんきょう）皇子に、機を捉えて瑶を殺すべきだと訴えていた。危険が迫る中、問天は瑶が雪雲国の太子と一緒に流蘇節に来ているのを見つける。無為も、その様子を別の場所から見ていて…。

鬼狼は暗夜妖皇のもとに晴を連れてくる。晴は、問天に月黒散を飲ませても星魂石は出てこなかったと報告するが、暗夜妖皇は再度九華門へ戻って問天に月黒散を飲ませろと晴に命令する。一方、蕭律の気持ちを拒んだ瑶は、蕭律の機嫌を損ねてしまう。蕭律は瑶を本気で妃にするつもりでいた。そんな時、蕭律は羿横に呼ばれて宮廷へと向かう。

無為は、蕭律に嫁ぐと決めた瑶を止めることができなかった。瑶が無為らとこっそり会っているのを無缺が見ており、それが天驕皇子と羿横に伝わってしまう。狩猟の大会の日、羿横たちは無為と問天を殺そうと考えていたが、問天たちは大会中に秦川らを助け出す計画を立てていた。そんな中、大会が開始されることになるのだが…。

問天は、牢から秦川と秦昊を救い出して逃げる。途中で瑶と無為も合流するが、兵に追われて行きついた先は崖の上だった。激しい戦いの中、瑶は蕭律の側近に連れ去られ、秦昊は問天をかばって犠牲になる。傾城と無為と問天は、崖の上から何とか脱出するが、問天はひどい傷を負う。蕭律のもとで目覚めた瑶は、家族の消息を聞かされ…。

傾城の持っていた種から小さな妖獣が出てくる。妖獣は傾城に、問天が目覚めない理由はケガのせいではなく、心の闇に捕まっているからだと言う。そんな中、秦川の処刑の日は刻々と近づいていた。無缺は、秦川に謀反の罪を認めさせようとするが、秦川は決して屈しない。すると、騎士盟の洛千秋（らくせんしゅう）は任せろと言って数本の鍼を取り出す。

傾城は、天霖に秦家を助けるために協力してほしいと願い出る。早速、天霖は羿横に謁見し、秦川を処刑するには証拠が不十分であることや、葉家に権力が集中することによる問題点などを挙げて、羿横の命令を覆そうとする。その頃、秦川が刑場へ向かうために牢から出てくる。問天は作戦どおりに秦川を助けようとするが…。

秋雪は皇帝の長男･楚莽（そもう）を訪ねていき、今でも問天に想いを寄せていると打ち明ける。楚莽は問天への想いを断ち切るように秋雪に忠告する。若歓と瑶は、皇城に監禁されている無為を助けに行き、やっとのことで救出するも、若歓が毒矢に当たってしまう。そんな中、晴は鬼狼に会いに行き、その様子を小さな妖獣･チビ助が見ていた。

毒に苦しんで倒れた晴を助けるために、問天は九華門の学府長・任千行（にんせんこう）のもとへ向かう。学府長は、晴の苦痛を取り除きはするが、麒麟（きりん）斑を消すには伝説の神紋刀が必要だと告げる。問天は伝説の神紋刀を作るために新しい精錬法を探すことに。しかし、問天が精錬法を探しているうちに、晴は置き文を残して姿を消してしまう。

拝剣（はいけん）城の結界が弱まり、その影響で傾城が発作を起こす。九華門の総長・帝義（ていぎ）らと天霖は、妖剣の力が強まっていることを案じる。総長たちは、九華門を守るためにも拝剣城に行く権利を得るのは問天であってほしいと考えていた。学府長と莫傷は、問天に星魂の力を強める武器について書かれ書物「狂獣戟法（きょうじゅうげきほう）」のありかを教える。

晴が暗夜族に襲われるが、そこに見知らぬ女が現れ、晴は命拾いをする。晴が目覚めると、そこは青雲閣（せいうんかく）だった。晴を助けた女は、青雲閣で暮らしてはどうかと提案する。一方、秋雪は問天からもらった神紋図を鑑賞会で公開することにする。その神紋図には恋人のために咲く花“幽情花（ゆうじょう）”が描かれており、鑑賞会に訪れた傾城は…。

問天が秋雪に神紋図を贈ったことにショックを受けた傾城は莫邸に帰る。一方、傾城に誤解され、問天は思い悩んでいた。そこにやってきた無為が、幽情花の神紋図は公羊弘（くようこう）という人物が預かっており、拝剣城の小剣を持ち帰った唯一の人だと教える。問天は、君臨宴に備えて公羊弘に会いに行く。そんな中、無為に危険が迫っていた。

傾城たちは莫邸で侵入者に遭遇してしまう。急いで九華門に戻り、見知らぬ人物が莫邸にいたことを莫傷に報告する。侵入者の力は相当なものだったと言う傾城の話から、暗夜族だろうと学府長は予想する。それから莫傷は理由を告げずに、傾城の外出を１か月間禁じる。傾城は莫傷が事情を話してくれないことに対して不満を抱く。

戻ってこない問天を心配する傾城。そんな中、空の異変を見た莫傷は、誰かの星魂に圧力がかけられていることを知る。莫傷は、問天を助けに行こうとする傾城を閉じ込め、弟子たちを伴って問天の救出に向かう。忘途鏡（ぼうときょう）の前で暗夜族と激しく交戦するが、莫傷たちは劣勢に立たされ退避する。問天を救えなかったと聞いた傾城は…。

いよいよ君臨宴の日を迎える。九華門にいた千秋が雪雲国の者として参加することに。街の人々は千秋が勝つか無缺が勝つかの話題で盛り上がっている。開始時刻が近づいても傾城が会場に現れず、九華門からは若歓や無為が出場しようとするが、学府長に止められる。問天と傾城が不在のまま、戦いの火ぶたが切られたその時…。

雪雲国の蕭嵐（しょうらん）は、問天が千秋に深手を負わせたことを理由に勝者にふさわしくないと主張しはじめ、問天の優勝を剥奪しようとする。さらに秦川を釈放したくないと考えていた羿横までが蕭嵐の意見に便乗しようとする。その頃、青雲閣で修行に励んでいた晴が着々と力をつけていると、同門の師姉が深手を負って戻ってくる。

暗夜族と葉家が結託していることに気づいた傾城は、葉家を弾劾する文を羿横に届ける。暗夜族をひどく恐れている羿横は葉家の忠誠を疑うが、葉黙は濡れ衣だと言ってその場をうまく逃れてしまう。そんな中、問天が拝剣城へ行く日が近づき、九華門では妖剣の噂で持ちきりになっていた。その話を耳にした傾城は不安になってしまう。

拝剣城への道が開かれて問天が出発すると、暗夜妖皇も問天の後を追う。妖剣の前で対面する問天と暗夜妖皇。暗夜妖皇が力ずくで妖剣を破壊しようとしたことで、結界が揺らいで問天も暗夜妖皇も吹き飛ばされてもとの場所へ戻ってきてしまう。問天に駆け寄った傾城が結界の歪みに触れて血を流した瞬間、結界の揺れが収まる。

暗夜妖皇から500年前の真実を聞かされた傾城は、思わず耳をふさいでひどく混乱する。その頃、九華門では気を失っていた問天が目を覚まし、傾城がいなくなったことを知らされていた。問天は傾城と世界を救うため、総長から妖剣を制する方法を教わる。だが、そんな中、問天が何者かに襲われ九華門に敵の内通者がいると分かる。

傾城は莫家に残されていた祖宗の手記を読む。手記には、傾城を運命の定めから解放せよと書かれていた。傾城はつらさに耐えきれず、母である凰（おう）の棺の横で涙を流す。その頃、九華門では千手師範長が騎士盟の師範である姜震（きょうしん）を罠にかけて捕まえる。ところが、学府長が黒幕の名を聞き出そうとしたその時、姜震は背後から襲われ殺される。

学府長は問天の頼みを聞き入れ、妖剣を鎮めるための技・九元府訣（きゅうげんふけつ）を天星閣（てんせいかく）で探す許可を出す。一方、晴は無意識のうちに魔に通じる技・乱天魔功（らんてんまこう）の修行をしていた。災難を招く技の修練を始めてしまった晴は、師匠から乱天魔功のことを他人に告げてはならないと釘をさされる。そんな中、九華門に羿天驕らが蕭律を伴って現れる。

晴は青雲閣の代表として、世界を救おうとする人物を助けるため九華門に出立する。晴が暗黒の森を歩いていると、欧辰（おうしん）と葉家の兵の会話を耳にする。それは無缺が問天の命を狙っているという内容で、それを聞いた晴は思わず乱天魔功を使って欧辰たちを攻撃してしまう。同じ頃、問天も修行のために師兄たちと暗黒の森に来ていた。

九華門と皇家（こうか）学院の試合が始まる。出場した弟子たちが激しく戦っている途中で、九華門側は無缺が仕組んでいた迷霧星魂（めいむせいこん）によって動きを止められる。しかし、無缺の計略を知っていた問天たちはすぐに体勢を立て直す。のちに秋雪が問天に知らせたと気づいた無缺は、婚約を破棄すると言う秋雪に手を上げる。しまいには居室の扉を閉め…。

羿横と九華門を対立させようと、無缺が策をめぐらし、近衛隊の将軍を襲う。さらに無缺と暗夜族は、九華門の弟子に変装して皇家学院の師範を殺し、皇家学院が九華門に憎しみを抱くようにしむける。また一方で、葉黙に煽られた羿横は九華門を討つ決断を下す。無缺たちの横暴に耐えかねた九華門の総長は、防衛の陣を発動する。

羿横が精鋭部隊を用意しても、九華門には及ばなかった。無缺は白青松（はくせいしょう）に責任をなすりつけ、さらに、軍費を乱用しているとして弾劾する。その結果、白青松は罷免され、秋雪は安国郡主の称号を剥奪される。無缺への復讐に燃える秋雪は、公羊弘に協力を求めに行く。しかし、公羊弘に自分より弱い者は殺さないと言って断られ…。

修行中、何者かの気配を感じた問天はその者に思わず技を使ってしまう。倒れた女は見覚えのある髪飾りを落とす。それは問天が晴に贈った髪飾りだった。こうして問天は、青（せい）と名乗っていた女の正体に気づく。一方で、無為が楚莽に頼んでいた丹薬が出来上がる。そして、目覚める可能性は低いと思われていた皇帝が目を覚まし…。

無為と問天は宮殿に忍び込んで皇帝と対面する。皇帝は無為の力になってくれと問天に頼み、無為に皇位を託すと言う。その時、外から皇帝の部屋に矢が放たれる。無為は皇帝を連れて逃げようとするが、皇帝は矢に当たって絶命してしまう。一方、無缺は拝剣城に向かっており、そこで飛んでくる剣をかわして小剣をつかもうとする。

晴が乱天魔功を修めていると確信した蕭嵐は、拷問して乱天魔功を奪おうとするが、晴は口を割ろうとしない。その頃、問天たちは晴の危険を察知して助けに向かう。その後、蕭嵐が何者かに殺され、無缺たちは蕭嵐を殺した犯人を見つけると九玄宮（きゅうげんきゅう）の者たちに宣言する。そして無缺は犯人を晴だと決めつけて九華門に向かう。

秋雪は丹王殿（たんおうでん）の洛河（らくが）が師姉を殺す現場を目撃し、逃げる時に洛河に捕まってしまう。洛河に殺されそうになった秋雪は、身を守るために傾城が守剣霊姫（しゅけんれいひめ）であるということを洛河にばらしてしまう。一方、大羿国では、青雲閣の弟子が蕭嵐を殺したという噂が立っていた。疑いをかけられた晴は、殺したのは自分ではないと訴える。

羿横の即位の日が近づいていた。国を支配しようとする羿横に対し、九華門は戦う覚悟を決め、準備を始める。そんな中、神兵閣の配下が星河公会で奇妙な神紋図を発見する。安閣主はそれが強力で危険な神紋陣であることを見抜く。その頃、問天は九元府訣を会得できずにいた。傾城を救い、民を助けるために問天はいよいよ最後の修行に入る。

父親の敵を討つために千秋が学府長のもとへやって来る。千秋は学府長を殺そうとするが、逆に深手を負う。学府長は千秋の父の最期を語ったあと千秋の力を消す。一方、丹王殿では傾城が洛河によって捕縛されていた。そんな傾城を見た秋雪は深く謝罪するが…。その頃、九華門で目覚めた問天は、剣を交えた無缺の変化に疑問を感じていた。

妖剣と対峙した問天のもとに、チビ助が傾城の危険を知らせにやってくる。問天は必ず助けに行くと約束する。そんな中、宮廷に秦家の軍隊が突入する。追い詰められた羿横は、神紋陣を使って皇城を爆破すると脅す。一方、拝剣城では問天が妖剣を抜くことに成功していたが、妖剣が問天の中に入り込み制御できずにいた。

丹王（たんおう）老祖と暗夜妖皇が戦いを繰り広げる中、一撃を食らって吹き飛ばされる暗夜妖皇に、傾城は思わず「父上」と呼ぶ。そこへ妖剣を手にした問天がやって来る。丹王老祖を倒したものの、問天は妖剣の魔力に支配されてしまう。傾城に逃げろと言い残して問天はその場を後にする。その頃、無缺は秋雪が妊娠していることを知り…。

九華門の者たちが問天を追って拝剣城へ向かっている頃、暗夜妖皇もまた配下を率いて拝剣城に行こうとしていた。傾城も一緒に行くと言い張るが、暗夜妖皇は傾城を眠らせて出発する。その頃、拝剣城には妖剣と同化してしまった問天がおり、強力な剣陣が張られていた。九華門の者たちと暗夜妖皇たちは、剣陣を破ろうと試みる。

無為が皇帝に即位する。瑶は皇后となり、秦川は武王（ぶおう）の称号を授かる。九華門では、学府長がその座を莫傷に譲り、暗夜族の者たちは大羿国に戻ることが許された。こうして天下には平和が戻ったが、傾城は木の中で眠り続けていた。問天は傾城が目を覚ますのをずっと待っているが、ある日、傾城が入っていた木が忽然と姿を消し…。